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数据库CAN

swMATH ID: 17020
软件作者: 尹彦斌、毛锡增、杨金才、陈欣、毛凤楼、徐莹
描述: dbCAN:自动碳水化合物活性酶注释的网络资源。碳水化合物活性酶(CAZymes)对生物技术行业,尤其是新兴的生物燃料行业非常重要,因为CAZyme负责合成、降解和修饰地球上的所有碳水化合物。我们开发了一个网络资源dbCAN(http://csbl.bmp uga.edu/dbCAN注释.php),为提交到我们的服务器的任何给定蛋白质数据集(例如来自新测序基因组的蛋白质)提供基于CAZyme签名域的自动注释功能。为了实现这一点,我们为每个CAZyme家族明确定义了一个签名域,该域基于CDD(保守域数据库)搜索和文献整理得出。我们还构建了一个隐马尔可夫模型来表示每个CAZyme家族的签名域。这些CAZyme家族特有的HMM是我们的主要贡献,也是自动化CAZymeAnnotation的基础。
主页: http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/annotate.php
相关软件: 剂量;阿波罗;DBAli工具;MATRAS公司;NUCPLOT公司;LIGPLOT公司;浮雕;焦摩尔;PhenomeNET公司;智能GO;啤酒节;FUNC公司;Aber-OWL公司;工厂TFDB;鸡蛋NOG;ELM公司;抗SMASH;解剖HMMER;HPMV(高压中压);安妮
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