HT序列 swMATH ID: 16898 软件作者： 西蒙·安德斯（Simon Anders）、保罗·西奥多·派尔（Paul Theodor Pyl）、沃尔夫冈·胡贝尔（Wolfgang Huber） 描述： HTSeq–一个用于处理高通量测序数据的Python框架。动机：高通量测序（HTS）数据分析中的许多标准任务都有大量工具可供选择。然而，一旦项目偏离了标准工作流，就需要自定义脚本。结果：我们提供了HTSeq，这是一个Python库，用于促进此类脚本的快速开发。HTSeq提供HTS项目中许多常见数据格式的解析器，以及表示数据的类，如基因组坐标、序列、测序读取、比对、基因模型信息、变量调用，并提供允许通过基因组坐标进行查询的数据结构。我们还介绍了htseq-count，这是一个用htseq开发的工具，它通过计算读取与基因的重叠来预处理RNA-Seq数据以进行差异表达分析。可用性：HTSeq根据GNU通用公共许可证作为开源软件发布，可从网址：http://www-huber.embl.de/HTSeq或从Python包索引https://pypi.python.org/pypi/HTSeq。 主页： http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/overview.html 相关软件： 生物导体；边缘R；顶帽；STAR公司；R（右）；DEseq公司；RSEM（RSEM）；香皂；针织物；闪亮的；Trimmomatic公司；快速质量控制；SnpEff公司；Samtools公司；重新计票；功能计数；银河；rmarkdown公司；布拉特；Sweave公司 引用于： 7文件 全部的 前5名16位作者引用 1 Beißbarth，蒂姆 1 卡鲁戈语、奥利维埃罗语 1 Siamak Zamani Dadaneh 1 肖恩·戴维斯。 1 弗兰克·艾森哈伯 1 沙赫拉·费萨尔 1 克劳斯·荣格 1 弗兰克·克莱默 1 Jochen Kruppa公司 1 数学，埃维 1 帕帕斯塔穆利斯，泛神经炎 1 钱晓宁 1 马格纳斯Rattray 1 格哈德·图茨（Gerhard E.Tutz）。 1 亚历山大·沃尔夫 1 周明远 3篇连载文章中引用 三 遗传学和分子生物学中的统计应用 2 分子生物学方法 1 美国统计协会杂志 在2个字段中引用 6 生物学和其他自然科学（92-XX） 5 统计学（62-XX） 按年份列出的引文