T-咖啡 swMATH ID: 13195 软件作者： C.Notredame、D.G.Higgins、J.Heringa 描述： T-Coffee：一种快速准确的多序列比对新方法。我们描述了一种用于多序列比对的新方法（T-Coffee），与最常用的替代方法相比，该方法在精确度上有了显著提高，但速度上略有牺牲。该方法广泛地基于流行的渐进式多重对齐方法，但避免了该算法贪婪特性导致的最严重缺陷。使用T-Coffee，我们预处理序列之间所有成对对齐的数据集。这为我们提供了一个可用于指导渐进式对齐的对齐信息库。然后，中间比对不仅基于下一个要比对的序列，还基于所有序列如何彼此对齐。该对准信息可以从诸如对准程序和/或结构叠加的混合的异构源中导出。在这里，我们通过结合使用局部和全局成对对齐来生成库来说明该方法的威力。通过与一组141个测试用例进行比较，结果比对比我们尝试的任何流行的替代方案都要可靠得多。无论测试中序列的系统发育扩散如何，改进都是显而易见的，尤其是对于更困难的测试用例。 主页： http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/ 相关软件： ClustalW公司;肌肉;MAFFT公司;DIALIGN公司;巴利巴斯;探针Cons;卡林;集群;Clustal X公司;直径-TX;普罗瓦林;3D咖啡;MSA探测器;木乃伊;爆炸;PSI-爆炸;消音器;图案猎人;PCMA公司;SAB标记 引用于： 32文件 全部的 前5名94位作者引用 三 恩斯特·奥尔特豪斯 三 彼得·斯塔德勒（Peter F.Stadler）。 2 Sarah J.Berkemer。 2 皮埃尔·甘萨尔斯基 2 Höner zu Sieder异议，基督徒 2 汉斯·彼得·伦霍夫 2 弗朗索瓦·佩蒂让 2 索尼娅·普罗哈斯卡。 2 克努特·雷内特 1 亚历山大·安多尼 1 埃洛伊州阿拉乌乔 1 阿娜·阿里巴斯·吉尔 1 贝尔吉提，穆莱·塔布 1 法比奥·贝尔特拉姆 1 斯特凡·坎扎尔 1 阿尔贝托·卡普拉拉 1 保罗·卡洛尼 1 池，忠县 1 阿里·达巴 1 君士坦丁·达斯卡拉基斯 1 朱拉特·道格莱特 1 丹·德布拉西奥 1 埃尔南多·德尔·波蒂略。 1 阿兰·米切尔·达勒姆 1 萨马内·易卜拉希米 1 穆拉德·埃卢米 1 范晓丹 1 方伟武 1 玛丽亚·费德里科 1 法拉利、阿尔多 1 Fürstberger，阿克塞尔 1 费比安·加特纳 1 托马斯·加特 1 毛罗·贾卡 1 阿维纳坦·哈西迪姆 1 卡洛斯·希加。 1 John D.Kececioglu。 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 汉斯·凯斯特勒（Hans A.Kestler）。 1 阿兰·凯特林 1 Klau，Gunnar W。 1 奥利弗·科尔巴赫 1 Lárraga-Ramírez，María E。 1 Hoai An Le Thi 1 李国斌 1 李梦龙 1 李伟伟 1 廖波 1 刘军S。 1 阿丽亚娜·马查多·利马 1 亚历山德罗·马塞洛 1 马丁内斯，法比奥·维杜阿尼 1 凯瑟琳·马蒂亚斯 1 马库斯·莫彻 1 罗曼·安塞尔莫（Roman Anselmo），莫拉古蒂埃雷斯（Mora-Gutiérrez） 1 聂福生 1 尼兰詹·雷迪（B.P.Niranjan Reddy）。 1 艾斯林·奥德里斯科尔 1 沃尔夫冈·奥托 1 塞尔吉奥·潘塔诺 1 Kamran Paynabar公司 1 维托里奥·佩莱格里尼 1 彭慧 1 罗伯特·佩施 1 皮埃尔·佩特隆戈 1 潘定涛（Pham Dinh Tao） 1 纳迪亚·皮桑蒂 1 Antonin S.Ponsich。 1 G.B.K.S.普拉萨德。 1 哈维尔·拉米雷斯-罗德里格斯 1 奇塔·兰扬 1 南希·雷茨拉夫 1 Rincón-García，Eric Alfredo 1 塞巴斯蒂安·罗奇 1 阿里安娜·萨博 1 法国玛丽·萨戈 1 丹尼斯·沙沙（Dennis E.Shasha）。 1 罗伊·D·斯莱特。 1 Jose F.苏亚雷斯。 1 阿卜杜勒卡梅尔·塔里 1 Toivonen，Hannu T.T。 1 王，詹森·曾莉 1 王克龙 1 王磊 1 王，易 1 温志宁 1 杨毅 1 元，元 1 穆罕默德·贾维德·扎基 1 张俊华 1 张敏 1 郑金华 1 阿尔伯特·Y·佐马亚。 1 贾法尔·邹阿什 全部的 前5名23篇连载文章中引用 4 计算生物学和化学 2 离散应用数学 2 数学生物学杂志 1 计算 1 理论计算机科学 1 统计科学 1 统计计算与模拟杂志 1 模式识别 1 随机过程及其应用 1 数学编程。A系列B系列 1 组合优化期刊 1 理论医学杂志 1 数据挖掘与知识发现 1 CEJOR公司。中欧运筹学杂志 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 计算机科学中的数学 1 医学中的计算和数学方法 1 计算生物学 1 理论生物学杂志 1 ISRN生物数学 1 分子生物学方法 1 高级信息和知识处理 1 信息系统与运筹学 全部的 前5名11个领域引用 26 生物学和其他自然科学（92-XX） 11 计算机科学（68至XX） 7 运筹学、数学规划（90-XX） 5 统计学（62-XX） 2 总体主题；集合（00-XX） 1 历史和传记（01-XX） 1 组合数学（05-XX） 1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX） 1 一般拓扑结构（54至XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 数值分析（65-XX） 按年份列出的引文