当蛋白质氨基酸序列被粘贴到文本区域时，输入文本将立即被验证，如果有效替换为交互式序列视图。

序列的格式必须是FASTA、Clustal或原始序列。

您也可以将序列作为文件上传。

例如，我们将粘贴序列：

>目标SNAGNSTTSDKGTEEATTSAFDVMSQFNEIGVSYPLTVTDQAGRTVTFEKAPEKIASSYISTSLLALGLQ公司DKLVGIEAKANTRNIYKLAAPAIVSLPNMGTAKEFNTEACVAATPDVVFLPMKTKTADTLESLGIKAVVNPEDQSLEECITLVGKITNAGRAEALNNSIKTFLADNKTNVSGGNTPSVYLAGNSSSVLSTAGSKMYQNTLL公司TNAGKNVASELTDTYEWANVSYEQILAWNPDYIVIAADATYTVDILNDANLAGCNAVKNVVKLPNNIEA公司WDSPVPGSFLGSIYIASVLHPEKVTKDFYETCVTKFYESFYGFTPAK公司

继续

如果所需的建模模板已知并在SMTL中找到，可以使用FASTA或Clustal格式的目标模板对齐来开始建模，而无需模板搜索的需要。

1：优选地，对齐的第一个序列应为目标蛋白质氨基酸序列。

2：最好按照PDB id格式命名模板序列。例如“1CRN”、“1CRNA”或“1CRN_A”。

3：如果SWISS-MODEL识别出有效的目标模板对齐，则将显示对齐。否则，请从将显示的下拉列表中指定目标和/或模板。

4：你的模板可能有不止一个生物单位，如果是这样的话，你会看到几个排列您必须从中进行选择以构建模型。

例如，我们将粘贴以下目标/模板对齐：

>THN_DENCL公司KSCCPTTAARNQYNICRLPGTRPVCAALSGCKIISGTGCPPGYRH公司>1角ATTCCPSIVARSNFNVCRLPGTPEAICATYTGCIIIPGATCPGDYAN公司

继续

当UniProtKB AC粘贴到文本区域时，会立即验证输入并替换为交互式序列视图。

例如，我们将粘贴UniProtKB AC第61851页

继续

可以指定要用作建模模板的结构通过上传PDB格式的文件（*）和模板结构的坐标。

1：在文本区域输入正常的目标蛋白质氨基酸序列。

例子：

>sp|P61851|SODC_DROME软件MVVKAVCVINGDAKGTVFFEQESSGTGPVKVSGEVCGLAGLHVHEFGDNTNGCMSSG公司PHFNPYGKEHGAPVDENRHLGDLIGNIEATGCPTKVNITDSKITLFGADSIIGRTVVVHA公司DADDLGQGGHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV公司

2：上传模板文件。
寡聚体模板是可以接受的，可以通过向输入中添加多个目标序列来构建异构体。
如果文件不被接受，您可以首先尝试去除非标准残留物（HETATMS）。

继续

程序DeepView（Swiss-PdbViewer，Guex等人）可用于生成、显示、分析和操作Swiss-MODEL工作空间的建模项目文件。

项目文件包含叠加的模板结构以及目标和模板之间的对齐方式。因此，用户可以完全控制基本建模参数，即模板结构的选择，残基的正确对齐，以及在上下文中插入和删除的位置三维结构。

这里有一个DeepView项目文件示例。

DeepView可以从DeepView主页.

继续

可以输入多个序列来模拟异构体或蛋白质复合物。

1：在文本区域输入第一个目标蛋白质氨基酸序列或UniProt AC作为正常值。

例子：

P09904号

2：点击“Add Hetro Target”按钮，输入额外的氨基酸序列。

>HBB_PHYMC P09905血红蛋白亚单位β-1/2VHLTGEEKSGLTALVAVAVEEIGGEALGRLLVVYPWTQRFFEHFGDLSTADAVMKNPKVKKHGQKVLASFGEGLKHLDNLKGTFATLSELHDKLHVDPENFRLLLGNVLVVVLARHFGKEFTPELQTAYQKVVAGVANALAHK公司YH公司

3：重复步骤2，直到输入所有相互作用伙伴的氨基酸序列。

继续