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12
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网络
摘要视图:显示当前交互。
可以移动节点;
弹出窗口提供有关节点和边的信息。
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邻里关系
在彼此的基因组邻域中经常观察到的基因组。
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实验
共纯化、共结晶、酵母杂交、遗传相互作用等。。。
从主要来源进口。
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冷却
基因组中出现模式具有相似性的基因家族。
加载。。。
当前正在显示
数据库
已知的代谢途径、蛋白质复合物、信号转导途径等。。。
来自精心策划的数据库。
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共同表达
在大量实验中发现其基因在表达上相关的蛋白质。
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文本挖掘
自动、无监督的文本挖掘-搜索经常一起提到的蛋白质。
加载。。。
当前正在显示
融合
有时融合成单个开放阅读框的基因。
STRING允许检查任何给定网络的交互证据。选择上面的任何查看器(如果不适用于您的网络,则禁用)。
节点:
网络节点代表蛋白质
剪接亚型或翻译后修饰被折叠,即每个节点代表由单个蛋白质编码基因位点产生的所有蛋白质。
节点颜色
彩色节点:
查询蛋白和第一层相互作用体
白色节点:
交互器的第二个shell
节点内容
空节点:
未知3D结构的蛋白质
填充节点:
已知或预测3D结构
边缘:
边缘代表蛋白质关联
关联是指特定的和有意义的,即蛋白质共同贡献共同的功能;
这并不一定意味着它们在物理上相互绑定。
已知交互
来自精选数据库
实验测定的
预测的交互
基因邻域
基因融合
基因共现
其他
文本挖掘
共同表达
蛋白质同源性
您的意见:
邻里关系
基因融合
冷却
共同表达
实验
数据库
文本挖掘
[同源]
得分
DVU_2680型
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
(148 aa)
预计功能合作伙伴:
poR公司
丙酮酸铁氧还蛋白氧化还原酶;
通过与GP:1770208的相似性识别;
与HMM PF00037蛋白家族匹配;
与蛋白家族HMM PF01558匹配;
与HMM PF01855蛋白家族相匹配。
0.708
立方厘米B
细胞色素c型生物发生蛋白CcmB。
0.704
拖把
醛氧化还原酶;
通过与SP:Q46509的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF00111匹配;
与蛋白家族HMM PF01315匹配;
与蛋白家族HMM PF01799匹配;
与HMM PF02738蛋白家族相匹配。
0.508
孔A
丙酮酸铁氧还蛋白氧化还原酶,α亚基;
通过与GP:43498的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF01558匹配;
与HMM PF01855蛋白家族相匹配。
0.505
波兰
DNA聚合酶I;
通过与SP的相似性识别:P00582;
与蛋白家族HMM PF00476相匹配;
与蛋白家族HMM PF01367匹配;
与HMM PF02739蛋白家族匹配;
与HMM TIGR00593蛋白家族相匹配。
0.469
普塔
脯氨酸脱氢酶/δ-1-吡咯烷-5-羧酸脱氢酶;
将脯氨酸氧化为谷氨酸,用作碳源和氮源;
属于醛脱氢酶家族。
在N端区段;
属于脯氨酸脱氢酶家族。
0.461
DVU_1220型
通过与HMM PF00037蛋白家族的匹配进行鉴定;
与蛋白质家族HMM PF00881匹配。
0.448
DVU_2679型
感觉盒组氨酸激酶/反应调节剂;
通过与HMM PF00072蛋白家族的匹配鉴定;
与蛋白家族HMM PF00512匹配;
与HMM PF02518蛋白家族相匹配;
与蛋白质家族HMM TIGR00229匹配。
0.428
您当前的有机体:
希尔登堡普通脱硫弧菌
NCBI分类Id:
882
其他名称:D.vulgaris str.Hildenborough,Desulfovibrio vulgarias(菌株Hildenborough),Desulsovibrio vigaris ATCC 29579,Desulvovibrio vegaris str.Hildenborough和Desulfovirio vulgaries subsp。
普通脱硫弧菌(Hildenborough株)。
普通型ATCC 29579,普通型脱硫弧菌亚种。
希尔登堡街vulgaris str.Hildenborough
基本设置
网络类型:
全STRING网络
(边缘表示功能和物理蛋白质关联)
物理子网
(边缘表明蛋白质是物理复合物的一部分)
网络边缘的含义:
证据
(
线条颜色表示交互证据的类型)
信心
(
线条粗细表示数据支持的强度)
主动交互源:
文本挖掘
实验
数据库
共同表达
邻里关系
基因融合
同时发生
最低要求的互动得分:
最高置信度(0.900)
高置信度(0.700)
中等置信度(0.400)
低置信度(0.150)
自定义值
信心:
要显示的最大交互器数:
第一个外壳:
-无/仅查询蛋白质-
不超过5个交互者
不超过10个交互者
不超过20个交互者
不超过50个交互者
自定义值
最大交互数:
第二个外壳:
-无-
不超过5个交互者
不超过10个交互者
不超过20个交互者
不超过50个交互者
自定义值
最大交互数:
更新
高级设置
网络显示模式:
静态png
(
网络是一个简单的位图图像;
非交互式)
交互式svg
(
网络是一个可缩放的矢量图形[SVG];
交互式)
网络显示选项:
启用节点着色模式
启用三维气泡设计
禁用网络气泡中的结构预览
将蛋白质名称集中在节点上
显示查询蛋白质名称
隐藏网络中断开连接的节点
隐藏蛋白质名称
蛋白质名称字号
将网络发送到Cytoscape
导出当前网络:
…作为位图图像:
下载
文件格式为“PNG”:可移植网络图形
…作为高分辨率位图:
下载
相同的PNG格式,但分辨率更高
…作为矢量图形:
下载
SVG:可缩放矢量图形-可以在Illustrator、CorelDraw、Dia等中打开和编辑
…作为简短的表格文本输出:
下载
TSV:制表符分隔值-可以在Excel和Cytoscape中打开(仅列出单向边:A-B)
…作为表格文本输出:
下载
TSV:制表符分隔值-可以在Excel中打开(列出倒数边:A-B、B-A)
…作为XML摘要:
下载
结构化XML交互数据,根据“PSI-MI”数据标准
…蛋白质节点度数:
下载
网络中蛋白质的节点度(给定当前分界)
…网络坐标:
下载
描述网络中节点坐标和颜色的平面文件格式
…蛋白质序列:
下载
MFA:多fasta格式-包含网络中的氨基酸序列
…蛋白质注释:
下载
一个以tab分隔的文件,描述网络中蛋白质的名称、域和描述
…功能注释:
下载
一个以tab分隔的文件,其中包含网络中所有已知的protien功能术语
以表格形式浏览交互:
节点1
节点2
节点1加入
节点2加入
节点1注释
节点2注释
分数
DVU_1220型
DVU_2680型
DVU_1220型
dvu2680型
通过与HMM PF00037蛋白家族的匹配进行鉴定;
与HMM PF00881蛋白家族相匹配。
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
0.448
数字视频_1220
拖把
DVU_1220型
DVU_1559
通过与HMM PF00037蛋白家族的匹配进行鉴定;
与HMM PF00881蛋白家族相匹配。
乙醛氧化还原酶;
通过与SP:Q46509的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF00111匹配;
与蛋白家族HMM PF01315匹配;
与蛋白家族HMM PF01799匹配;
与HMM PF02738蛋白家族相匹配。
0.666
DVU_1220型
poR公司
DVU_1220型
DVU_3025型
通过与蛋白质家族HMM PF00037的匹配进行鉴定;
与HMM PF00881蛋白家族相匹配。
丙酮酸铁氧还蛋白氧化还原酶;
通过与GP:1770208的相似性识别;
与HMM PF00037蛋白家族匹配;
与蛋白家族HMM PF01558匹配;
与HMM PF01855蛋白家族相匹配。
0.844
DVU_1220型
孔A
DVU_1220型
DVU_1569型
通过与HMM PF00037蛋白家族的匹配进行鉴定;
与HMM PF00881蛋白家族相匹配。
丙酮酸铁氧还蛋白氧化还原酶,α亚基;
通过与GP:43498的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF01558匹配;
与HMM PF01855蛋白家族相匹配。
0.621
DVU_1220型
普塔
DVU_1220型
DVU_3319型
通过与HMM PF00037蛋白家族的匹配进行鉴定;
与HMM PF00881蛋白家族相匹配。
脯氨酸脱氢酶/δ-1-吡咯烷-5-羧酸脱氢酶;
将脯氨酸氧化为谷氨酸,用作碳源和氮源;
属于醛脱氢酶家族。
在N端区段;
属于脯氨酸脱氢酶家族。
0.543
DVU_2679型
DVU_2680型
DVU_2679型
DVU_2680型
感觉盒组氨酸激酶/反应调节剂;
通过与HMM PF00072蛋白家族的匹配鉴定;
与蛋白家族HMM PF00512匹配;
与HMM PF02518蛋白家族相匹配;
与HMM TIGR00229蛋白家族相匹配。
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
0.428
DVU_2679型
波兰
DVU_2679型
DVU_0496型
感觉盒组氨酸激酶/反应调节剂;
通过与蛋白质家族HMM PF00072的匹配进行鉴定;
与蛋白家族HMM PF00512匹配;
与HMM PF02518蛋白家族相匹配;
与HMM TIGR00229蛋白家族相匹配。
DNA聚合酶I;
通过与SP的相似性识别:P00582;
与蛋白质家族HMM PF00476匹配;
与蛋白家族HMM PF01367匹配;
与HMM PF02739蛋白家族匹配;
与HMM TIGR00593蛋白家族相匹配。
0.522
DVU_2679型
普塔
DVU_2679型
DVU_3319型
感觉盒组氨酸激酶/反应调节剂;
通过与HMM PF00072蛋白家族的匹配鉴定;
与蛋白家族HMM PF00512匹配;
与HMM PF02518蛋白家族相匹配;
与HMM TIGR00229蛋白家族相匹配。
脯氨酸脱氢酶/δ-1-吡咯烷-5-羧酸脱氢酶;
将脯氨酸氧化为谷氨酸,用作碳源和氮源;
属于醛脱氢酶家族。
在N端区段;
属于脯氨酸脱氢酶家族。
0.502
DVU_2680型
DVU_1220型
DVU_2680型
DVU_1220型
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
通过与HMM PF00037蛋白家族的匹配进行鉴定;
与HMM PF00881蛋白家族相匹配。
0.448
DVU_2680型
DVU_2679型
DVU_2680型
DVU_2679型
黄酮多辛;
许多氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
感觉盒组氨酸激酶/反应调节剂;
通过与HMM PF00072蛋白家族的匹配鉴定;
与蛋白家族HMM PF00512匹配;
与HMM PF02518蛋白家族相匹配;
与HMM TIGR00229蛋白家族相匹配。
0.428
dvu2680型
立方厘米B
DVU_2680型
DVU_1048型
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
细胞色素c型生物发生蛋白CcmB。
0.704
DVU_2680型
拖把
DVU_2680型
DVU_1559
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
醛氧化还原酶;
通过与SP:Q46509的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF00111匹配;
与蛋白家族HMM PF01315匹配;
与蛋白家族HMM PF01799匹配;
与HMM PF02738蛋白家族相匹配。
0.508
DVU_2680型
poR公司
DVU_2680型
dvu3025型
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
丙酮酸铁氧还蛋白氧化还原酶;
通过与GP:1770208的相似性识别;
与HMM PF00037蛋白家族匹配;
与蛋白家族HMM PF01558匹配;
与HMM PF01855蛋白家族相匹配。
0.708
DVU_2680型
波兰
DVU_2680型
DVU_0496型
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
DNA聚合酶I;
通过与SP的相似性识别:P00582;
与蛋白家族HMM PF00476相匹配;
与蛋白家族HMM PF01367匹配;
与HMM PF02739蛋白家族匹配;
与HMM TIGR00593蛋白家族相匹配。
0.469
DVU_2680型
孔A
DVU_2680型
DVU_1569型
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
丙酮酸铁氧还蛋白氧化还原酶,α亚基;
通过与GP:43498的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF01558匹配;
与HMM PF01855蛋白家族相匹配。
0.505
DVU_2680型
普塔
DVU_2680型
DVU_3319型
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
脯氨酸脱氢酶/δ-1-吡咯烷-5-羧酸脱氢酶;
将脯氨酸氧化为谷氨酸,用作碳源和氮源;
属于醛脱氢酶家族。
在N端区段;
属于脯氨酸脱氢酶家族。
0.461
立方厘米
DVU_2680型
DVU_1048型
DVU_2680型
细胞色素c型生物发生蛋白CcmB。
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
0.704
拖把
DVU_1220型
DVU_1559
DVU_1220型
醛氧化还原酶;
通过与SP:Q46509的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF00111匹配;
与蛋白质家族HMM PF01315匹配;
与蛋白家族HMM PF01799匹配;
与HMM PF02738蛋白家族相匹配。
通过与HMM PF00037蛋白家族的匹配进行鉴定;
与HMM PF00881蛋白家族相匹配。
0.666
拖把
DVU_2680型
DVU_1559
DVU_2680型
醛氧化还原酶;
通过与SP:Q46509的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF00111匹配;
与蛋白家族HMM PF01315匹配;
与蛋白家族HMM PF01799匹配;
与HMM PF02738蛋白家族相匹配。
黄酮多辛;
一些氧化还原酶的低电位电子供体;
属于黄曲霉毒素家族。
0.508
拖把
poR公司
DVU_1559
DVU_3025型
醛氧化还原酶;
通过与SP:Q46509的相似性识别;
与蛋白家族HMM PF00111匹配;
与蛋白家族HMM PF01315匹配;
与蛋白家族HMM PF01799匹配;
与HMM PF02738蛋白家族相匹配。
丙酮酸铁氧还蛋白氧化还原酶;
通过与GP的相似性识别:1770208;
与HMM PF00037蛋白家族匹配;
与蛋白家族HMM PF01558匹配;
与HMM PF01855蛋白家族相匹配。
0.730
第1页,共3页
网络统计
网络统计分析仍在进行中,请稍候。。。
网络中的功能丰富
注:此处可能会有一些丰富内容(
为什么?
)
禁用突出显示
解释列
富集分析仍在进行中,请稍候。。。
统计背景
对于上述富集分析,
以下统计背景
假设:
全基因组
添加背景
更新
保存/导出
富集分析仍在进行中,请稍候。。。
群集选项
无群集
(按原样显示网络)
k-means聚类
(根据质心找到定义数量的簇)
簇数:
簇之间的边:
虚线
实线
不显示
MCL聚类
(基于随机流查找自然簇)
充气参数:
簇之间的边:
虚线
实线
不显示
DBSCAN集群
(根据本地节点密度查找簇)
epsilon参数:
簇之间的边:
虚线
实线
不显示
k-均值(已过时)
(k-means算法的旧版本)
簇数:
簇之间的边:
虚线
实线
不显示
应用
服务器负载:
低(38%)
[高清]
永久链接