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欢迎使用STRING
蛋白质相互作用网络
功能富集分析
生物体
12535
蛋白质
5930万
互动
>200亿
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蛋白质名称
多种蛋白质
蛋白质(按序列)
具有值/等级的蛋白质
蛋白质家族(“COG”)
…按姓氏
…按蛋白质名称
…通过蛋白质序列
…多个蛋白质名称
…多序列
途径/过程/疾病
新建
添加有机体
新建
生物体
示例
随机输入
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按名称/标识符排列的单一蛋白质
蛋白质Nam
电子邮箱:
(示例:
#1个
#2
#3
)
生物体:
自动检测
取消
选择
高级设置
网络类型:
全STRING网络
物理子网
要求分数:
最高置信度(0.900)
高置信度(0.700)
中等置信度(0.400)
低置信度(0.150)
尺寸截止:
不超过5个交互者
不超过10个交互者
不超过20个交互程序
不超过50个交互者
搜索
按名称/标识符分类的多重蛋白质
姓名列表:
(单线或CSV;示例:
#1
#2
#3
)
…或上载文件:
浏览。。。
生物体:
自动检测
取消
选择
高级设置
网络类型:
全STRING网络
物理子网
要求分数:
最高置信度(0.900)
高置信度(0.700)
中等置信度(0.400)
低置信度(0.150)
FDR严格性:
高(1%)
中等(5%)
宽容(25%)
搜索
按序列排列的单个/多个蛋白质
氨基酸序列:
(示例:
#1
#2
#3
#4
)
…或上载文件:
浏览。。。
生物体:
自动检测
取消
选择
高级设置
网络类型:
全STRING网络
物理子网
要求分数:
最高置信度(0.900)
高置信度(0.700)
中等置信度(0.400)
低置信度(0.150)
FDR严格性:
高(1%)
中等(5%)
宽容(25%)
搜索
具有值/秩的蛋白质-功能富集分析
把你的整个实验作为一个蛋白质列表提交——没有截止点。
在每种蛋白质的后面,为其排序添加一个有意义的值(fold-change、log-pvalue、丰度……)。
具有值的蛋白质:
(每行一个;示例:
#1
#2
#3
)
…或上载文件:
浏览。。。
生物体:
取消
选择
高级设置
FDR严格性:
高(1%)
中等(5%)
宽容(25%)
初始排序顺序:
富集度得分
意义
路径大小
为社区基准测试贡献您的查询(延迟一年)
搜索
按途径/过程/疾病/出版物分类的基因集
搜索任何路径名称并将其蛋白质可视化为STRING网络。您可以查询任何标识符或关键字匹配等,
基因本体术语
,
KEGG途径
、和
疾病
,但也
出版的手稿
这可能会讨论基因群。
(示例:
#1
#2
#3
#4
)
搜索词:
生物体:
自动检测
取消
选择
搜索
生物体和外壳
生物体:
取消
选择
搜索
将任何生物体添加到字符串/注释蛋白质组
将完整的物种蛋白质组上传到STRING,我们将生成其相互作用网络并预测蛋白质功能,包括
基因本体论
条款和
KEGG公司
路径。
上传后,您可以通过我们的
web界面
,通过编程方式访问它
美国石油学会
,或
下载
所有预测都是批量的。
上传蛋白质组
示例和亮点
示例1
显示
FAA4及其十位最自信的互动者。
酵母中的FAA4是一种长链脂肪酰辅酶a合成酶;
看看它与其他合成酶以及调节器的联系。
示例2
显示
20种最常突变的人类癌症基因。
它们具有比预期更高的互连程度,并且富含特征分子功能。
示例3
显示
一种特性较差的天然球菌蛋白质。
它没有带注释的结构域或功能,但与可能的DNA复制或修复蛋白有一些有趣的联系。
蛋白质家族(按名称)
蛋白质家族名称:
(示例:
#1
#2
#3
)
搜索
蛋白质家族(按蛋白质名称)
蛋白质名称:
(示例:
#1
#2
#3
)
生物体:
自动检测
取消
选择
搜索
蛋白质家族(按蛋白质序列)
氨基酸序列:
(示例:
#1
#2
#3
)
生物体:
自动检测
取消
选择
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多名称蛋白质家族
姓名列表:
(示例:
#1
#2
#3
)
…或上载文件:
浏览。。。
生物体:
自动检测
取消
选择
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多序列蛋白质家族
氨基酸序列:
(示例:
#1
#2
)
…或上载文件:
浏览。。。
生物体:
自动检测
取消
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