功能蛋白微阵列在许多方面与DNA或RNA微阵列不同。与DNA微阵列不同,功能性蛋白质微阵列通常旨在发现单个颜色通道中单个探针(蛋白质)的全局相互作用,这导致对特定样本显示强信号的特定蛋白质选择相对较少。在这方面,我们设计了一种稳健的数据预处理方法,以确保每个报告的信号强度都是高度准确和显著的。
为了进行质量控制,阵列上的每个复制点都会受到多个阈值变量的影响。这些质量控制步骤确保显示高方差的蛋白质的复制点被标记为报告异常值。
我们的归一化步骤使用基于分位数和基于总强度的方法,该方法利用阵列上控制探针的共同基本分布来校正任何技术差异,同时保留样本之间的生物差异。
生物标记物发现步骤实现了基于健康对照组的平均信号强度计算的蛋白特异性阈值,从而突出了病例特异性反应。
数据分析管道的每一步都保持数据质量,只报告真实的正信号。