器官发生过程中终末分化细胞谱系的产生需要多个协调的细胞命运选择步骤。然而,这一过程尚未明确描述,尤其是在胰腺等复杂的实体器官中。在这里,我们对从胚胎期E9.5–E17.5的多个转基因报告小鼠菌株中分离的胰腺细胞进行了单细胞RNA测序。我们破译了胰腺外分泌和内分泌谱系以及中间祖细胞的发育轨迹和调控策略。值得注意的是,我们发现以前未定义的程序代表胰岛α和β细胞谱系分配的最早事件以及α细胞生成“第一波”的发育途径。此外,我们证明抑制ERK通路活性对于诱导α和β谱系分化至关重要。这项研究为细胞命运选择和逐步细胞命运承诺的调控机制提供了关键见解,并可作为指导体外从干细胞诱导功能性胰岛谱系细胞的资源。