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.2020年1月8日;48(D1):D498-D503。
doi:10.1093/nar/gkz1031。

反应途径知识库

附属公司

反应途径知识库

比杰·贾萨尔等。 核酸研究. .

摘要

Reactome知识库(https://reactome.org)提供信号转导、运输、DNA复制、代谢和其他细胞过程的分子细节,作为单一一致数据模型中分子转换的有序网络,这是经典代谢图的扩展版本。反应组既可以作为生物过程的档案,也可以作为从肿瘤细胞的基因表达谱或体细胞突变目录等数据中发现功能关系的工具。为了扩展我们注释人类疾病过程的能力,我们实现了一个新的药物类别,并最初使用它注释与心血管疾病相关的药物。我们的注释模型依赖于外部领域专家来确定注释的新领域并审查新内容。新的网页有助于招募社区专家,并允许那些为Reactome做出贡献的人识别自己的贡献,并将其链接到ORCID记录。为了提高内容的可视化程度,我们实现了一个新工具,可以自动布局单个反应的组成部分,并提供了多个选项来下载反应图和相关数据,还实现了一种新的事件层次显示,这将有助于对路径分析结果进行可视化解释。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
注释药物:因子Xa抑制剂的抗血栓活性。(A类)阿哌沙班的反应组注释将其与ChEBI(1)和IUPHAR(2)数据库中的参考信息、疾病过程、肺栓塞、疾病本体(3)、细胞成分、GO(4)中的“胞外区域”以及PubMed(5)中的文献参考相关联。每个条目都与一个Reactome标识符相关联;通过Reactome页面上的链接,用户可以访问引用数据库中该条目的网页。(B类)阿哌西班与其他四种类似注释的小分子(1),即倍他沙班、内异沙班、revoxaban和eribaxan组合,形成一组因子Xa抑制剂。(C类)这组分子(1)的共享分子功能通过注释它们与因子Va和Xa(3)复合体的结合(2)来表示,以形成一个非活性复合体(4),从而对因子2(7)的裂解(6)进行负调控。在我们的图像中,具有药物角色的实体以其通常的图标形状显示,但带有紫色阴影,并且在图标的右下角带有“Rx”标记。
图2。
图2。
征求社区对新注释的意见。新的“外部贡献”网页可通过Reactome主页顶部的社区选项卡(1)访问。它显示了我们正在寻求外部审查的新注释的内部审查事件的列表(2)。单击help@reactome.org感兴趣的事件(3)旁边的链接会打开一封电子邮件(4),其中预先填充了事件的详细信息,并带有插槽以容纳个人详细信息。单击表中的事件本身会打开一个包含事件文本描述的Google文档。
图3。
图3。
将专家作者和评审员的ORCID ID与Reactome事件关联起来。(A类). 搜索一个人的名字(1)会返回一个列表(2),其中列出了该人作为作者或评论员与之关联的所有事件(路径和反应)。单个事件的详细信息可以在BibTex中导出(网址:www.bibtex.org)格式(3)。点击“你是[人]吗?”事件列表顶部的文本打开一个窗口,用户可以在其中输入其ORCID ID和密码(4)。验证这些凭据并显示列出事件的网页(B类)带有按钮(5),使人能够声明已编写和审阅的路径和反应。
图4。
图4。
自动反应布局。当显示反应的详细信息时,例如作为搜索结果,将生成单个反应的图形表示,标识其输入(1)、输出(2)、类型(此处为化学转化)(3)、催化剂(4)和亚细胞位置(5)。反应图像及其相关数据可以多种格式导出(6)。点击下面的图片或文本,用户可以看到路径上下文中的反应(7)。
图5。
图5。
Pathway浏览器查看“代谢”超级通道及其子通道。(A类). 标准的“焰火”格式。(B类). Voronoi图(“ReacFoam”)格式。

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引用人

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