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外显子测序确定肾癌中SWI/SNF复合物基因PBRM1的频繁突变

伊格纳西奥·瓦雷拉等。 性质. .

勘误表in

  • 自然。2012年4月5日;484(7392):130

摘要

肾癌的遗传学主要是透明细胞癌(ccRCC)中VHL抑癌基因的失活,透明细胞癌是最常见的组织学亚型。最近通过基于PCR-的外显子重新测序对约3500个基因进行大规模筛查,在ccRCC中发现了几个新的癌症基因,包括UTX(也称为KDM6A)、JARID1C(也称为KDM5C)和SETD2(参考文献2)。这些基因编码使组蛋白H3的关键赖氨酸残基去甲基化(UTX,JARID1C)或甲基化(SETD2)的酶。组蛋白H3的这些赖氨酸残基甲基化状态的修饰调节染色质结构,并与转录控制有关。然而,这些突变加在一起出现在不到15%的ccRCC中,这表明存在其他目前尚未确定的癌症基因。在这里,我们对一系列原发性ccRCC中的蛋白编码外显子进行了测序,并报告了SWI/SNF染色质重塑复合物基因PBRM1(参考文献4)作为第二个主要ccRCC癌基因的鉴定,41%(92/227)的病例发生截断突变。这些数据进一步阐明了ccRCC的体细胞遗传结构,并强调了异常染色质生物学的显著贡献。

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数字

图1
图1。PBRM1体细胞突变
PBRM1转录物用方框BR1-BR6、BAH1-2和HMG表示,分别表示溴代腺苷1-6、溴邻同源结构域和高迁移率基团结构域的位置。突变的相对位置用符号表示。星形-无意义,圆点-错义,红色三角形-移码删除,黑色三角形-移帧插入,绿色三角形-帧内删除。未描述拼接突变。
图2
图2。PBRM1错义突变分析
条形图表示生物信息学生成的随机错义突变(10000组三个可评分的突变),红色圆圈表示可评分的体细胞突变的平均得分(T232Ps=−7.78,A597Ds=−9.69,H1204Ps=−2.76)。体集合与空集合显著不同(p值0.01)。它们的负平均分较高,因此平均而言,预计其有害性更强。
图3
图3。铅基1在胰腺癌小鼠模型中经常发生突变
识别与之合作的基因K-Ras公司胰腺癌形成中的条件等位基因K-Ras公司第12天Pdx1页-Cre与条件睡美人转座酶驱动器和T2接通热重(tg)转座子供体等位基因。Cre的表达导致K-Ras公司第12天胰腺上皮细胞内的转座子动员。从153例胰腺癌和由该模型产生的癌前病变中分离转座子插入位点,发现在胰腺癌中有一个常见的插入位点预测值1表明预测值1与…合作K-Ras公司第12天胰腺癌的发展。如前所述进行统计分析。转座子插入预测值1以绿色显示。反向插入显示为红色。来自一个肿瘤的RT-PCR产物序列的色谱图显示Pbrm1的第24外显子剪接到插入的转座子中,从而截断转录物。
图4
图4。肾癌细胞系PBRM1表达的下调
(A) 通过western blotting验证PBRM1敲除。(B) 沉默PBRM1项目增加野生型ACHN和786-O的增殖PBRM1项目,但不是纯合的A704PBRM1项目截断突变。数据表示具有标准偏差的三次重复实验的平均值,第页<0.01. (C) 击倒PBRM1项目增强SN12C细胞的集落形成。数据表示具有标准偏差的一式三份实验的平均值,第页<0.01. (D) 击倒PBRM1项目增强786-O、SN12C和TK10细胞的细胞迁移。数据表示具有标准偏差的三次重复实验的平均值,第页<0.01. (E) 使用从MSigDB获得的调控基因集在三个RCC细胞系中敲除PBRM1后最显著解除调控的基因集(http://www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/)以及从PGSEA公司包装(详见补充材料)。

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引用人

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    1. van Haaften G等。组蛋白H3K27脱甲基酶基因UTX在人类癌症中的体细胞突变。自然遗传学。2009;41:521–3.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Dalgliesh GL等。肾癌的系统测序揭示了组蛋白修饰基因的失活。自然。2010;463:360–363.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Kouzarides T.染色质修饰及其功能。单元格。2007;128:693–705.-公共医学
    1. Thompson M.Polybromo-1:PBAF复合物的染色质靶向亚单位。生物化学。2009;91:309–319.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Gnirke A等。用超长寡核苷酸进行大规模平行靶向测序的溶液杂交选择。国家生物技术。2009;27:182–189.-项目管理咨询公司-公共医学

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