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.2009年6月1日;81(11):4493-501.
doi:10.1021/ac9004309。

Lys-N和胰蛋白酶在基于SCX的改进方法中覆盖磷酸蛋白质组的互补部分

附属公司

Lys-N和胰蛋白酶在基于SCX的改良方法中覆盖磷酸蛋白质组的互补部分

沙伦·高奇等。 Ana Chem公司. .

摘要

由于蛋白质磷酸化网络的巨大复杂性,蛋白质全磷酸化事件的分析仍然是一个主要的分析挑战。在这项工作中,我们评估了赖氨酸-N、赖氨酸-C和胰蛋白酶对磷蛋白组全局分析的贡献能力的互补性。一种改进的低氢强阳离子交换被用于有效分离N-末端乙酰化、磷酸化和非修饰肽。使用三种酶的组合,从1mg蛋白质中可以鉴定出总共5036个非冗余磷酸肽,错误发现率<1%。我们的数据显示,用不同蛋白酶生成的磷酸肽数据集之间的重叠是边缘的,而发现两个类似生成的胰蛋白酶数据集之间的重叠至少高出4倍。通过这种方式,与单独使用胰蛋白酶相比,Lys-N和胰蛋白酶的并行使用使检测到的磷酸肽的数量增加了72%,而胰蛋白酶复制实验仅导致25%的增加。因此,当仅关注胰蛋白酶和Lys-N数据时,我们鉴定出4671个非冗余磷酸肽。对检测位点的进一步分析表明,Lys-N和胰蛋白酶数据集在显著不同的磷酸化基序中得到了丰富,进一步证明了多蛋白酶方法在磷酸蛋白质组分析中非常有价值。

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