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.2009年2月;8(2):651-61.
doi:10.1021/pr8008012。

多酶消化与酰肼化学联合分析人肝组织糖蛋白组学

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多酶消化与酰肼化学联合分析人肝组织糖蛋白组学

陈锐(Rui Chen)等。 蛋白组学研究杂志. 2009年2月.
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摘要

蛋白质糖基化的研究由于其巨大的复杂性、宽的动态范围分布和低的化学计量修饰,远远落后于当前蛋白质组学的进展。通过酰肼化学固相萃取胰蛋白酶N-糖肽正在成为分析N-糖组的一种流行方法。然而,在用胰蛋白酶对人类蛋白质组数据库中的蛋白质进行电子消化时,表明有很大比例的胰蛋白酶N-糖肽不在鸟枪蛋白质组学方法的首选检测质量范围内,即从800到3500 Da。而且,相当大的聚糖基团可能会阻止胰蛋白酶访问K,R残基靠近N-糖苷进行消化,这将导致生成大的糖肽。因此,如果仅用胰蛋白酶消化蛋白质,许多N-糖苷不能被定位。在此,我们描述了一种综合分析人类肝组织N-糖蛋白组的方法,即肼化学法和多酶消化法相结合。用三种不同特异性的蛋白酶(胰蛋白酶、胃蛋白酶和热溶酶)分别消化人肝组织的裂解液。单独使用胰蛋白酶可鉴定622个N-糖苷,而使用胃蛋白酶和嗜热菌蛋白酶可鉴定317个额外的N-糖苷。在317个额外的N-糖苷中,98个(30.9%)在理论上无法通过胰蛋白酶鉴定,因为相应的计算机内胰蛋白酶肽要么太小,要么太大,无法在质谱仪中检测到。这项研究清楚地表明,由于采用多酶消化,N-糖苷的覆盖率可以显著增加。共鉴定出939个N-糖苷元,涵盖了523个来自人类肝组织的去甲氧基糖蛋白,从而建立了迄今为止最大的人类肝糖蛋白组数据集。

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