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比较研究
.2004年10月;14(10B):2121-7。
doi:10.101克/克2596504。

NIH全长cDNA项目的现状、质量和扩展:哺乳动物基因收集(MGC)

丹妮拉·斯格哈德卢卡斯·瓦格纳Elise A Feingold女士卡罗琳·M·申门Lynette H格鲁斯格雷格·舒勒史蒂文·克莱恩苏珊·奥德丽贝卡·拉苏利彼得·古德马克·盖尔艾利森·M·派克杰弗瑞·G·德格大使利普曼弗朗西斯·柯林斯Wonhee Jang先生史蒂文·雪莉迈克·费奥罗莱昂妮·米斯奎塔爱德华多·李基里尔·罗特米斯特洛夫斯基苏珊·F·格林胡特卡尔·F·谢弗肯尼思·布埃托汤姆·邦纳大卫·豪斯勒吉姆·肯特马克·基哈斯特里·福雷迈克尔·布伦特克里斯塔·普拉奇克里斯汀·施赖伯(Kirsten Schreiber)尼科尔·夏皮罗纳拉扬·K·巴特拉尔夫·霍普金斯弗洛伦斯·谢汤姆·德里斯科M Bento Soares先生汤姆·L·卡萨文托德·谢茨(Todd E Scheetz)迈克尔·J·布朗-斯坦特德·B·乌斯丁Shiraki Toshiyuki先生皮耶罗·卡尼奇玉兰飘达伍德B杜德库拉Minoru S H Ko公司川上光一铃木裕隆苏米奥·苏加诺C E格鲁伯R史密斯先生布莱克·西蒙斯特洛伊·摩尔理查德·沃特曼斯蒂芬·约翰逊家阮义军贾林伟S马塔文Preethi H Gunaratne公司吴家谦安吉拉·加西亚斯蒂芬·W·胡利克埃德温·富赫叶媛安娜·斯奈德卡拉·科维斯安妮·霍奇森唐娜·穆兹尼约翰·麦克弗森理查德·吉布斯杰西卡·法伊埃林·赫尔顿马克·凯特曼阿努拉达·马丹斯蒂芬妮·罗德里格斯艾米·桑切斯米歇尔·怀廷安努普·马达里爱丽丝·C·杨基思·D·威瑟比史蒂文·J花岗岩佩吉·N·广查尔斯·布林克利罗素·L·皮尔逊杰拉德·G·布法德罗伯特·布莱克斯利埃里克·D·格林马克·C·迪克森亚历克斯·C·罗德里格斯简·格里姆伍德杰里米·施穆茨理查德·迈尔斯Yaron S N巴特菲尔德马拉奇·格里菲斯奥比·格里菲斯马丁·克兹温斯基(Martin I Krzywinski)南希·廖瑞安·莫林戴安娜·帕尔奎斯特安卡·S·彼得雷斯库乌苏拉·斯卡斯卡杜安·斯迈卢斯杰夫·M·斯托特安吉丽克·施奈奇杰奎琳·沙因史蒂文·J·M·琼斯罗伯特·A·霍尔特阿格尼斯·巴罗斯马可·阿马拉桑德拉·克利夫顿凯瑟琳·马考斯基斯蒂芬妮·博萨克乔尔·马利克 MGC项目团队
比较研究

NIH全长cDNA项目的现状、质量和扩展:哺乳动物基因收集(MGC)

丹妮拉·格哈德等。 基因组研究. 2004年10月.

勘误表in

  • 基因组研究,2006年6月;16(6):804. Morrin,Ryan[改为Morin,Ryan]

摘要

美国国立卫生研究院的哺乳动物基因收集(MGC)项目旨在生成一个公开获取的cDNA资源,并对其进行测序,该资源包含每个人类和小鼠基因的完整开放阅读框架(ORF)。该项目最初使用随机策略从不同组织的大量cDNA文库中选择克隆。根据5'-EST序列选择候选克隆,然后将其完全测序到高精度,并使用为本项目开发的算法进行分析。目前,超过11000个人类和10000个小鼠基因在MGC中由至少一个具有完全ORF的克隆代表。随机选择方法现已达到饱和点,现在需要过渡到针对缺失转录本的协议,以完成老鼠和人类的采集。MGC克隆序列与参考基因组序列的比较表明,大多数cDNA克隆具有非常高的序列质量,尽管一些cDNA可能由于实验伪影(如PCR、克隆或逆转录酶错误)而携带错义变体。最近,一个大鼠cDNA组分被添加到该项目中,正在进行的青蛙(Xenopus)和斑马鱼(Danio)cDNA项目被扩大,以利用高通量MGC管道。

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数字

图1
图1
同源人类和小鼠基因与代表性MGC克隆的重叠。按照方法进行分析。有8412个人类基因与小鼠同源,7808个小鼠基因与人类同源。在8%的组中,同源基因组的数量可能包括同源基因以外的同源基因。
图2
图2
基因捕获的进展。的数量(A类)人类和(B类)显示了小鼠完整ORF MGC克隆以及这些克隆在项目生命周期内代表的基因数量。(插入)按时间顺序排列的EST数量。来自先前数据集的EST,包括来自CGAP的人类和小鼠cDNA文库(Schaefer等人,2001;Strausberg 2001,Strausberg等人,2002a),用于启动MGC项目。

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    MGC项目团队;Temple G、Gerhard DS、Rasooly R、Feingold EA、Good PJ、Robinson C、Mandich A、Derge JG、Lewis J、Shoaf D、Collins FS、Jang W、Wagner L、Shenmen CM、Miswetta L、Schaefer CF、Buetow KH、Bonner TI、Yankie L、Ward M、Phan L、Astashyn A、Brown G、Farrell C、Hart J、Landrum M、Maidak BL、Murphy M、Murphi T、Rajput B、Riddickic L、Webb D、Weber J、Wu W、,Pruitt KD、Maglott D、Siepel A、Brejova B、Diekhans M、Harte R、Baertsch R、Kent J、Haussler D、Brent M、Langton L、Comstock CL、Stevens M、Wei C、van Baren MJ、Salehi-Ashtiani K、Murray RR、Ghamsari L、Mello E、Lin C、Pennacchio C、Schreiber K、Shapiro N、Marsh A、Pardes E、Moore T、Lebeau A、Muratet M、Simmons B、Kloske D、Sieja S、Hudson J、,Sethupathy P、Brownstein M、Bhat N、Lazar J、Jacob H、Gruber CE、Smith MR、McPherson J、Garcia AM、Gunaratne PH、Wu J、Muzny D、Gibbs RA、Young AC、Bouffard GG、Blakesley RW、Mullikin J、Green ED、Dickson MC、Rodriguez AC、Grimwood J、Schmutz J、Myers RM、Hirst M、Zeng T、Tse K、Moksa M、Deng M、Ma K、Mah D、Pang J、Taylor G、Chuah E、Deng A、,Fichter K、Go A、Lee S、Wang J、Griffith M、Morin R、Moore RA、Mayo M、Munro S、Wagner S、Jones SJ、Holt RA、Marra MA、Lu S、Yang S、Hartigan… 完整作者列表见摘要Ş MGC项目团队等。 基因组研究,2009年12月;19(12):2324-33. doi:10.1101/gr.095976.109。Epub 2009年9月18日。 2009年基因组研究。 PMID:19767417 免费PMC文章。
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引用人

工具书类

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网站参考

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    1. 网址:http://genome.ucsc.edu; UCSC基因组浏览器。
    1. http://image.llnl.gov/image/html/vectors.shtml; 每个MGC矢量的完整序列。
    1. http://mgc.nci.nih.gov; MGC公司。
    1. http://www.ebi.ac.uk/embl/indiex.html; 黑猩猩。

出版物类型

赠款和资金