跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
比较研究
.2004年6月；10(6):929-41.
doi:10.1261/rna.7320604。

人类18S U11/U12 snRNP含有一组在U2依赖性剪接体中未发现的新蛋白质

辛迪·L·威尔 1, 克劳迪娅·施耐德, 马库斯·霍斯巴赫, 亨宁·厄劳布（Henning Urlaub）, 莱因哈德·劳胡特, 赛达·埃尔巴希尔, 汤玛士·涂许尔, 莱因哈德·吕尔曼
附属公司
比较研究

人类18S U11/U12 snRNP含有一组在U2依赖性剪接体中未发现的新蛋白质

辛迪·威尔等。 核糖核酸. 2004年6月.

摘要

U11和U12 snRNP将U12型前mRNAs结合为一个预先形成的双snRNP复合物，同时识别5’剪接位点和分支点序列。因此，在U12型前裂小体中，U11/U12组分形成了连接内含子两端的分子桥。我们获得了亲和纯化的人18S U11/U12和12S U11 snRNP，并通过质谱鉴定了它们的蛋白质组分。U11/U12 snRNP缺乏所有已知的U1 snRNP蛋白，但含有7种在主要剪接体中未发现的新蛋白（即65K、59K、48K、35K、31K、25K、20K），其中4种（59K、48 K、35K和25K）与U11相关。因此，有助于5'剪接位点识别和/或内含子桥接的蛋白质-蛋白质和蛋白质-RNA相互作用在小分裂前体和大分裂前体中似乎存在显著差异。大多数U11/U12蛋白在已知含有U12型内含子的生物体中高度保守。然而，在果蝇中未检测到与U11相关的同源物，这与果蝇中存在分歧的U11 snRNP一致。RNAi实验表明，几种U11/U12蛋白对细胞活力至关重要，这表明它们在U12型剪接中发挥着关键作用。U12型剪接体中独特的U11/U12 snRNP蛋白的存在为深入了解主要和次要剪接体之间的潜在进化关系提供了线索。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
含U11和U12的人类snRNP的沉积行为。抗-m三G亲和纯化的UsnRNP在10%–30%甘油梯度上分离。从每个组分中分离出RNA，并在10%聚丙烯酰胺/7M尿素凝胶上进行分析。银染法显示主要snRNAs(A类)Northern印迹法检测U11和U12(B类). 主要snRNP的沉降系数显示在顶部用于亲和选择18S U11/U12或12S U11 snRNP的级分被括起来。
图2。
图2。
亲和性选择的18S U11/U12 snRNP的蛋白质组成。蛋白质在10%/13%聚丙烯酰胺凝胶上通过SDS-PAGE分离，并用考马斯染色。输入snRNP（lane）中主要蛋白质的身份1)显示在左边; 亲和性选择的U11/U12 snRNP（lane2)（由MS确定）正确的.U11/U12相关蛋白（与污染的U5蛋白相反）以粗体显示，星号（*）表示明显的SF3b145和/或SF3b130降解产物。
图3。
图3。
12S U11 snRNP的亲和力选择。(A类)亲和选择的snRNP的snRNA组成。从输入的12S snRNP（lane）中分离出RNA2)，或在存在（车道）时选择的snRNP关联三)或缺乏抗U11寡核苷酸（Mock；lane4). snRNAs通过银染显示，U11的身份通过Northern印迹确认（数据未显示）。(B类)来自12S输入snRNP的蛋白质（lane1)，18S U11/U12 snRNP（车道2)或存在时选择的12S snRNP关联（车道三)或缺乏抗U11寡核苷酸（lane4)如图2所示进行分析▶。输入12S snRNP中的主要蛋白质的身份在左边和亲和性选择的富含U11的snRNP（lane三)，由MS确定，显示在正确的.U11相关蛋白（与U2或U1蛋白相对）以粗体显示。
图4。
图4。
U11/U12相关蛋白的结构域。(A类)图中显示了新的U11/U12蛋白质及其在正确的. (B类)将U11/U12-65K与U1-A和U2-B〃、U11/U12-35K与U1-70K、U11/U12-20K与U1-C的结构域结构进行比较。RRM表明RNA识别基序；ZF，锌指；以及富含脯氨酸的Pro。
图5。
图5。
U11/U12蛋白在进化上高度保守。(A类)氨基酸序列比对智人U11/U12-25K蛋白（gi | 13443018），带有来自小家鼠（gi | 16973675），热带非洲爪蟾（gi | 38225467），肠蝉（gi | 24628436）和甘氨酸最大值（gi | 26044609）。的序列十、热带,肠杆菌和栽培大豆从EST序列推导出25K蛋白；注意后两种蛋白质的5′端显然是不完整的。将至少三个序列中相同的残基用黑色方框包装，保守残基（灰色方框）分组如下：（D，E），（H，K，R），（A，F，I，L，M，P，V，W），和（C，G，N，Q，S，T，Y）。(B类)人类U11/U12-31K蛋白（gi | 21314767）的氨基酸序列与来自小M（gi | 21313088），十、热带（gi | 38394400），肠杆菌（gi | 19440299和gi | 1949 96343），以及拟南芥（gi | 15228279）。这个十、热带和肠杆菌序列由EST序列生成。请注意拟南芥该蛋白质包含48个氨基酸的N末端延伸，未包含在序列中。残留物突出显示并分组，如下所示A类31K蛋白中RNA识别基序（RRM）的位置由一条横线表示。使用Clustal方法进行序列比对。
图6。
图6。
12S U11 snRNP包含U11/U12蛋白的一个子集。(A类)纯化18S U11/U12 snRNPs（lanes）的蛋白质1,2,4,6,8,10,12,14)或富含12S U11 sn-RNP的snRNP（车道三,5,7,9,11,13,15)沾染了蓬索S（车道1)或在顶部U11/U12蛋白质的位置在左边. (B类)用免疫亲和纯化、甘油梯度分离的18S的snRNP进行免疫沉淀(顶部)或12S(底部)针对35K（lane）的梯度和免疫亲和纯化抗体的区域三)，25K（车道4)，20K（车道5)，59K（车道6)蛋白质或PAS珠（lane2). （车道1)公式图像或公式图像分别输入18S或12S梯度分数。通过Northern印迹法测定U11和/或U12 snRNA的共沉淀。(C类)自身抗原U11/U12蛋白。纯化18S U11/U12 snRNPs（lanes）的蛋白质1,三)或富含12S U11 snRNP的snRNP（车道2)沾染了蓬索S（车道三)或弥漫性系统性硬化症患者的血清（Ru）1,2).
图7。
图7。
RNAi敲除揭示了U11/U12蛋白的基本细胞功能。(A类)在转染给定的siRNA双链体（在每个框上方显示）72小时后测定细胞存活率，三次测定的平均值表示为对照组敲除的百分比（siRNA BB1，对抗GL2荧光素酶）。显示了每个U11/U12蛋白的两个不同siRNA双链的结果。作为阳性对照，对hPrp8蛋白进行siRNA双链敲除。(B类)对照组与敲除组细胞中20K、25K、35K和59K mRNA的RT-PCR分析。用总细胞RNA和对所示mRNA特异的引物进行RT-PCR。PCR产物（长度为73-113个碱基对）通过变性PAGE分离，PCR产物通过Southern blotting进行可视化。(C类)RNAi敲除后的mRNA水平用荧光成像仪定量，并以对照（GL2）值的百分比表示。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

查看所有类似文章

引用人

查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Burge，C.B.，Padgett，R.A.和Sharp，P.A.1998年。U12型内含子的进化命运和起源。分子细胞2:773–785。-公共医学
    1. De Belle，I.、Wu，J.X.、Sperandio，S.、Mercola，D.和Adamson，E.D.，2003年。一种新的生长抑制蛋白TOE1作为Egr1的直接靶基因的体内克隆和鉴定。生物学杂志。化学。278:14306–14312。-公共医学
    1. Elbashir，S.M.、Harborth，J.、Lendeckel，W.、Yalcin，A.、Weber，K.和Tuschl，T.，2001年。21-核苷酸RNA的双重体在培养的哺乳动物细胞中介导RNA干扰。自然411:494–498。-公共医学
    1. Frilander，M.J.和Steitz，J.A.，1999年。U12-依赖内含子的初始识别需要U11/5′剪接位点和U12/支点相互作用。基因与发育13:851-863。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. ———. 2001.导致U12-依赖性剪接体中催化核心形成的RNA相互作用的动态交换。分子细胞7:217–226。-公共医学

出版物类型

物质