Quantitative prediction of NF-kappa B DNA-protein interactions

doi:10.1073/pnas.102674699

.2002年6月11日；99(12):8167-72.

doi:10.1073/pnas.102674699。 Epub 2002年6月4日。

NF-kappa B DNA-蛋白相互作用的定量预测

伊琳娜·阿乌达洛娃¹, 理查德·莫特, 黎明田野, 多米尼克·奎亚特科夫斯基

附属公司

PMID： 12048232
预防性维修识别码： PMC123039型
内政部： 10.1073/第102674699页

NF-kappa B DNA-蛋白相互作用的定量预测

伊琳娜·阿乌达洛娃等。美国国家科学院程序. 2002.

.2002年6月11日；99(12):8167-72.

doi:10.1073/pnas.102674699。 Epub 2002年6月4日。

作者

伊琳娜·阿乌达洛娃¹, 理查德·莫特, 黎明田野, 多米尼克·奎亚特科夫斯基

附属

¹牛津大学威康人类遗传学信托中心，牛津大学罗斯福大道，牛津OX3 7BN，英国。iudalova@molbiol@英国牛津大学

PMID： 12048232
预防性维修识别码： PMC123039型
内政部： 10.1073/pnas.102674699

摘要

我们描述了一种基于主坐标分析的通用方法，用于预测调控序列中单核苷酸多态性对DNA-蛋白质相互作用的影响。我们使用转录因子NF-kappaB的结合数据作为测试系统。该方法结合了结合位点中碱基对位置之间相互作用的影响，我们证明了NF-κB存在这种相互作用。预测精度高于剖面模型，通过交叉验证和我们对额外序列预测的实验验证证实了这一点。计算人类22号染色体上所有潜在NF-kappaB位点的结合亲和力，以及已知单核苷酸多态性的影响，以确定可能的功能变体。我们认为，当标准轮廓模型因复杂的核苷酸间相互作用而处于不利地位时，这种方法本身或与其他方法结合可能是有价值的。

PubMed免责声明

数字

图1
与广义NF-κB共识GGGRNNYYCC匹配的位点具有广泛的亲和力。(A类)重组纯化p50和p50_右驾车型/第65页_右驾车型这些蛋白被用于EMSA中，带有对应于NF-κB共识序列不同变体的放射性标记探针。(B类)50个NF-κB样序列的p50p50和p50p65结合数据。序列按照x个通过其与p50p50的结合亲和力来确定轴。每个点代表两个独立测量的几何平均值。这些数据来自八种凝胶，由PhosphorImager定量，并根据控制序列GGGTTCCCC标准化，其值为227。有关标记序列的解释，请参阅文本。

图2
交叉验证预测的结合亲和力(年轴）根据观测值绘制(x个轴）。误差条给出了95%的置信区间。

图3
四个主要主坐标的序列特征。PC1、PC2和PC4对p50p50和p50p65复合物均显著，PC3仅对p50p65显著（如括号中所示）。对于每个具有统计意义的主坐标，序列沿着坐标排序。计算了平均基频上部和下部NF-κB位点6-bp核心内每个位置25%的位点，例如，对于主坐标1，12/13个上四分位序列在位置3处有一个g，一个有一个a，而10/13个下四分位顺序有一个B，3个有g上部和下部绘制四分位数（PC1，位置3:9表示G，−9表示A）。因此，PC1代表GGG**CCCC（高亲和力）和GGAA**TTCC（低亲和力）之间的对比。

图4
核苷酸变异对侧翼G的影响₁，G₂，C₉、和C₁₀在p50p50和p50p65的结合亲和力上的位置。重组纯化p50和p50_右驾车型/第65页_右驾车型在EMSA中使用与五个随机NF-κB共有序列（1、3、5、7、9道）相对应的放射性标记探针及其在22号染色体上发现的多态性变体（2、4、6、8、10道）。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

κB位点中的一个核苷酸可以确定NF-kappaB二聚体的辅因子特异性。
Leung TH、Hoffmann A、Baltimore D。 Leung TH等人。单元格。2004年8月20日；118(4):453-64. doi:10.1016/j.cell.2004.08.007。单元格。2004 PMID：15315758
游离κB DNA的晶体结构：转录因子NF-κB对DNA识别的见解。
Huang DB、Phelps CB、Fusco AJ、Ghosh G。 Huang DB等。分子生物学杂志。2005年2月11日；346(1):147-60. doi:10.1016/j.jmb.2004.11.042。Epub 2004年12月13日。分子生物学杂志。2005 PMID：15663934
优化的延伸DNAκB位点，增强质粒DNA核导入和基因表达。
Gonçalves C、Ardourel MY、Decoville M、Breuzard G、Midoux P、Hartmann B、Pichon C。 Gonçalves C等人。基因医学杂志，2009年5月；11（5）：401-11。doi:10.1002/jgm.1312。《基因医学杂志》，2009年。 PMID：19326361
通过选择的RNA适配体对NF-kappaB DNA靶位点进行分子模拟。
Ghosh G、Huang DB、Huxford T。 Ghosh G等人。当前操作结构生物。2004年2月；14(1):21-7. doi:10.1016/j.sbi.2004.01.004。当前操作结构生物。2004 PMID：15102445 审查。
脑源性神经营养因子和NF-kappaB在神经元可塑性和存活中的作用：从基因到表型。
Marini AM、Jiang X、Wu X、Tian F、Zhu D、Okagaki P、Lipsky RH。 Marini AM等人。恢复神经科学。2004;22（2）：121-30。恢复神经科学。2004 PMID：15272146 审查。

查看所有类似文章

引用人

增强HIV-1 C亚型的转录强度可将基因表达噪音降至最低，并确保病毒潜伏状态的稳定性。
Pal S、Jaiswal V、Nala N、Ranga U。 Pal S等人。《维罗尔杂志》。2023年1月31日；97（1）：e0137622。doi:10.1128/jvi.01376-22。Epub 2022年12月19日。《维罗尔杂志》。2023 PMID：36533949 免费PMC文章。
NF-κB/p52功能特异性的起源。
Ghosh G、Wang VY。 Ghosh G等人。前细胞发育生物学。2021年11月23日；9:764164. doi:10.3389/fcell.2021.764164。eCollection 2021年。前细胞发育生物学。2021 PMID：34888310 免费PMC文章。审查。
毛茛增强细胞增殖并保护人类脂肪干细胞免受碘乙酸单钠诱导的氧化应激在体外.
Fazal N、Khawaja H、Naseer N、Khan AJ、Latief N。 Fazal N等人。脂肪细胞。2020年12月；9(1):495-508. doi:10.1080/21623945.2020.1812242。脂肪细胞。2020 PMID：32867575 免费PMC文章。
终末期肾病患者炎症转录因子NF-κB结合位点变异的研究。
杨建华、陈文轩、李MC、方伟、徐永杰、钦林、陈慧聪、张慧琳、陈长卿、杜美美、郭CW、林毅、肖普杰、苏SL。杨建华等。 BMC肾病。2019年8月5日；20（1）：300。doi:10.1186/s12882-019-1471-2。 BMC肾病。2019 PMID：31382928 免费PMC文章。
自噬通过TRAF3和RELB通过拮抗SMAD蛋白来调节基因表达。
Newman AC、Kemp AJ、Drabsch Y、Behrends C、Wilkinson S。 Newman AC等人。国家公社。2017年11月16日；8(1):1537. doi:10.1038/s41467-017-00859-z。国家公社。2017 PMID：29146913 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Thanos D，Maniatis T.细胞。1995;83:1091–1100.-公共医学
1. Ellwood K、Chi T、Huang W、Mitsouras K、Carey M.Cold Spring Harbor Symp-Quant Biol。1998;63:253–261.-公共医学
1. Udalova I A、Richardson A、Denys A、Smith C、Ackerman H、Foxwell B、Kwiatkowski D.摩尔细胞生物学。2000年；20:9113–9119.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Knight J C、Udalova I、Hill A V、Greenwood B M、Peshu N、Marsh K、Kwiatkowski D.Nat Genet。1999;22:145–150.-公共医学
1. Price S J、Greaves D R、Watkins H J生物化学。2001;276:7549–7558.-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动
行动

LinkOut-更多资源

[1] Thanos D，Maniatis T.细胞。1995;83:1091–1100.-公共医学

[2] Thanos D，Maniatis T.细胞。1995;83:1091–1100.-公共医学

[3] Ellwood K、Chi T、Huang W、Mitsouras K、Carey M.Cold Spring Harbor Symp-Quant Biol。1998;63:253–261.-公共医学

[4] Ellwood K、Chi T、Huang W、Mitsouras K、Carey M.Cold Spring Harbor Symp-Quant Biol。1998;63:253–261.-公共医学

[5] Udalova I A、Richardson A、Denys A、Smith C、Ackerman H、Foxwell B、Kwiatkowski D.摩尔细胞生物学。2000年；20:9113–9119.-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Udalova I A、Richardson A、Denys A、Smith C、Ackerman H、Foxwell B、Kwiatkowski D.摩尔细胞生物学。2000年；20:9113–9119.-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Knight J C、Udalova I、Hill A V、Greenwood B M、Peshu N、Marsh K、Kwiatkowski D.Nat Genet。1999;22:145–150.-公共医学

[8] Knight J C、Udalova I、Hill A V、Greenwood B M、Peshu N、Marsh K、Kwiatkowski D.Nat Genet。1999;22:145–150.-公共医学

[9] Price S J、Greaves D R、Watkins H J生物化学。2001;276:7549–7558.-公共医学

[10] Price S J、Greaves D R、Watkins H J生物化学。2001;276:7549–7558.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

NF-kappa B DNA-蛋白相互作用的定量预测

附属

NF-kappa B DNA-蛋白相互作用的定量预测

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

分子生物学数据库

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

分子生物学数据库