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PROSITE文件PDOC50835型[对于PROSITE条目PS50835]
类Ig结构域剖面


描述

类Ig结构域可能是最广泛的结构域,至少在动物。可以将此域视为基于普通褶皱。含有Ig样结构域的蛋白质在组织中不同分布、氨基酸组成和生物作用[1,2,3].

所有Ig样结构域似乎都参与结合功能。配体范围从小分子(抗原、发色团)到激素(生长激素、干扰素、催乳素)、大分子(肌肉蛋白)[3].结合位点定位在循环区域中(变量最大免疫球蛋白的一部分)或成链。例如这些薄片用于结合MHC、CD8、CD4和PapD的配体或生长激素受体(GHR)的分子。这些结合位点可能是由单链(CD2、CD4)、同源二聚体(GHR、CD8)或异二聚体[3].

经典的Ig样结构域由7到10条β链组成,分布于用希腊语描述的典型拓扑和连接性的两张纸之间键β-桶(参见<PDB:3HLA公司>)。类Ig结构域的一般形状良好保守,但由于高度循环的可变性。而经典域包含大约100个残留物,较小的(74-90个残留物)免疫球蛋白相关分子(CD2、CD4)。环内的大型装饰,有时包括额外的结构域,存在于血蓝蛋白(238个氨基酸)中[4]和转录因子NFkappaB(201个氨基酸)[5]. 示意图典型类Ig结构域的结构表示如下:

----------=====D===>--|                          ||------<=====E=======--|   |||--=====B===>------|   |   |                      |||--<=====A===~==||   |                          ||   |                          |||<=====G===~===--||   |                      |   ||------=====F===>--||                              |----------<=====C=======------
“=>”:表示β链“A”到“G”的方向。

Ig样结构域可以根据β链的数量进行分类[1,3]:

C1型:经典类Ig结构域,如示意图所示。表1:ABED,表II:CFG。C1结构域只存在于分子中参与免疫系统:

  • 免疫球蛋白(Ig)。
  • 主要组织相容性复合物(MHC)分子。
  • T细胞受体(TcR)。

C2-类型:删除股线D,并替换为直接连接到的股线C'股线E.表I:ABE,表II:C'CFG:

  • 血管细胞粘附分子-1的第二结构域。
  • 神经细胞粘附分子2。
  • 血管内皮生长因子受体3。
  • 成纤维细胞生长因子受体4。
  • 白细胞介素-6受体α链。

V型:绞线C和D之间的额外绞线C'和C“。表1:ABED,表二: C“C'CFG:

  • 免疫球蛋白重链的可变结构域。
  • T细胞表面糖蛋白CD8α链。
  • 病毒血凝素。
  • 程序性细胞死亡蛋白1。
  • 神经元核心蛋白。
  • 髓磷脂蛋白为零。

H型:绞线C和D之间的额外绞线C'。表1:ABE,表II:CFG。绞线C’/D连接件表一和表二:

  • 纤维素酶c的N末端结构域。
  • 半乳糖氧化酶的C末端结构域。

我们开发了一个基于结构线形的剖面,覆盖了整个并识别与免疫球蛋白密切相关的Ig样结构域。我们的这些特征不能识别H型或DNA结合Ig样结构域,因为他们的高度分歧。

上次更新时间:

2003年5月/第一个条目。

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技术部分

本文件涵盖的PROSITE方法(包括工具和信息):

类似于IG_ LIKE第50835页;类Ig结构域剖面(矩阵)


工具书类

1作者博克·P。霍尔姆·L。桑德C。
标题免疫球蛋白折叠。结构分类、层序模式和常见岩芯。
来源分子生物学杂志。242:309-320(1994).
PubMed ID7932691

2作者哈拉比D.M。Poupon A.公司。莫农J.-P。
标题免疫球蛋白折叠家族:序列分析和3D结构比较。
来源《蛋白质工程》12:563-571(1999)。
PubMed ID10436082

3作者哈拉比D.M。莫农J.-P。
标题免疫球蛋白超家族:关于其组织、物种和功能多样性的见解。
来源《分子进化杂志》。46:389-400(1998).
PubMed ID9541533

4作者沃尔贝达A。霍尔W.G。
标题以3.2 A分辨率精制的中断螺六聚血蓝蛋白的晶体结构。
来源分子生物学杂志。209:249-279(1989).
PubMed ID2585484

5作者鲁道夫·M.J。格尔根J.P。
标题免疫球蛋白结合DNA。
来源自然结构。《生物学》,8:384-386(2001)。
PubMed ID11323707
内政部10.1038/87531



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