PROSITE文件PDOC00271型[对于PROSITE条目PS50053]

泛素域签名和配置文件

泛素[1,2,三]是一种含有76个氨基酸残基的蛋白质，发现于所有真核细胞，其序列在从原生动物到脊椎动物。它在多种细胞中起着关键作用如依赖ATP的细胞蛋白质选择性降解，染色质结构的维持、基因表达的调节、应激反应和核糖体生物生成。

在大多数物种中，有许多编码泛素的基因。但是他们可以被分为两类。第一类产生多泛素由泛素从头到尾重复序列组成的分子。数量重复是可变的（在爪蟾基因中最多12个）。在大多数情况下多泛素前体，最后有一个氨基酸重复出现。第二类基因产生由单个泛素与C末端延伸蛋白（CEP）融合的拷贝。有两个CEP蛋白的类型，两者似乎都是核糖体蛋白。

泛素是一种球状蛋白质，最后四个C末端残基（Leu-Arg-Gly-Gly）从紧密结构延伸形成“尾巴”，对它的功能。后者由泛素共价结合介导通过C-末端甘氨酸之间的异肽连接来靶向蛋白质以及靶蛋白中赖氨酸残基的ε-氨基。

有许多与泛素进化相关的蛋白质：

• 杆状病毒以及某些菌株中的泛素样蛋白牛病毒性腹泻病毒（BVDV）。这些蛋白质与它们的真核生物对应物。
• 哺乳动物蛋白GDX[4]. GDX由两个域组成，一个N端74个氨基酸的泛素样结构域和83个氨基酸的C末端结构域与甲状腺球蛋白激素产生部位有一定的相似性。
• 哺乳动物蛋白FAU[5]. FAU是一种融合蛋白，由74个残基的N末端泛素样蛋白与核糖体蛋白融合第30条。
• 小鼠蛋白NEDD-8[6]，一种81个残基的泛素样蛋白。
• 人类蛋白BAT3是一种1132个残基的大融合蛋白，含有N-末端泛素样结构域。
• 秀丽隐杆线虫蛋白ubl-1[7]. Ubl-1是一种融合蛋白由70个残基的N末端泛素样蛋白融合到核糖体蛋白S27A。
• 酵母DNA修复蛋白RAD23[8]. RAD23包含一个N终端域似乎与泛素有着遥远而显著的关系。
• 哺乳动物RAD23相关蛋白RAD23A和RAD23B。
• 哺乳动物BCL-2结合athanogene-1（BAG-1）。BAG-1是一种274的蛋白质含有中心泛素样结构域的残基。
• 人类剪接体相关蛋白114（SAP 114或SF3A120）。
• 酵母蛋白DSK2，一种参与纺锤体极体复制和包含N末端泛素样结构域。
• 人蛋白CKAP1/TFCB、球裂殖酵母蛋白alp11和秀丽隐杆线虫假想蛋白F53F4.3。这些蛋白质包含N端泛素结构域和C端CAP-Gly结构域（参见<PDOC00660型>).
• 裂殖酵母假想蛋白SpAC26A3.16。这种蛋白质包含N末端泛素结构域。
• 酵母蛋白SMT3。
• 人类泛素样蛋白SMT3A和SMT3B。
• 人类泛素样蛋白SMT3C（也称为PIC1；Ubl1，Sumo-1；Gmp-1或Sentrin）。该蛋白参与将ranGAP1靶向细胞核孔隙复合物蛋白ranBP2。
• 植物和秀丽隐杆线虫中的SMT3样蛋白。

为了识别泛素和相关蛋白，我们开发了一种基于模式的序列中央部分的保守位置。个人资料是也开发了跨越泛素结构域全长的基因。