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PROSITE文件PDOC00036型[对于PROSITE条目PS00036]
基本亮氨酸拉链(bZIP)域签名和配置文件


描述

bZIP超家族[1,2]真核生物DNA结合转录因子将包含一个基本区域的蛋白质分组,该区域介导序列特异性DNA结合,随后是亮氨酸拉链(参见<PDOC00029型>)需要用于二聚。bZIP结构域通常结合回文6核苷酸位点,但特异性可以通过与辅助因子的相互作用而改变[].

bZIP的几个结构已经解决(例如,请参见<PDB:1AN2号机组>) [4].碱性区和亮氨酸拉链形成一个连续的α螺旋,其中亮氨酸拉链的四个疏水残基朝向一侧。这种构象允许平行二聚化,并使螺旋弯曲新功能二聚体形成一个柔性叉,其中基本结构域,在N末端开放端,可以与DNA相互作用。两个亮氨酸拉链因此方向垂直于DNA[4,5].

这个家庭相当大,我们这里只列出一些有代表性的成员。

  • 转录因子AP-1,可选择性地结合SV40和金属硫蛋白IIA的顺式控制区。AP-1,也称为作为c-jun,是禽肉瘤病毒17(ASV17)的细胞同源物癌基因v-jun。
  • Jun-B和Jun-D,可能是高度相似的转录因子至6月/AP-1。
  • fos蛋白是一种原癌基因,与6月3日。
  • fos相关蛋白fra-1和fos B。
  • 哺乳动物cAMP反应元件(CRE)结合蛋白CREB、CREM、ATF-1、,ATF-3、ATF-4、ATF-5、ATF-6和LRF-1。
  • 玉米不透明2,一种参与胚乳中玉米醇溶蛋白产生的调节。
  • 拟南芥G-box结合因子GBF1至GBF4,欧芹CPRF-1至CPRF-3,烟草TAF-1和小麦EMBP-1。所有这些蛋白质都与G-box启动子结合许多植物基因的元素。
  • 果蝇蛋白Giant,抑制kruppel和knirps分割缺口基因。
  • 果蝇B盒结合因子2(BBF-2),一种转录激活物与脂肪体特异性醇脱氢酶和卵黄增强剂结合蛋白质基因。
  • 果蝇切分蛋白cap’n’collar(基因cnc),涉及头部形态发生。
  • 秀丽隐杆线虫skn-1,一种与命运相关的发育蛋白早期胚胎腹侧卵裂球。
  • 酵母GCN4转录因子,一般控制系统的组成部分调节人体内氨基酸合成酶的表达氨基酸饥饿反应及相关粗糙脉孢菌cpc-1蛋白质。
  • 粗糙脉孢菌cys-3启动结构基因的表达它编码硫-羧酸酶。
  • 酵母MET28,硫氨基酸代谢的转录激活剂。
  • 酵母PDR4(或YAP1),某些基因的转录激活物氧解毒酶。
  • EB病毒反激活蛋白BZLF1。

我们发展的模式是针对基本区域的。我们还开发了一个涵盖整个领域的配置文件。

上次更新时间:

2006年4月/修改了图案。

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技术部分

本文件涵盖的PROSITE方法(包括工具和信息):

BZIP_BASIC(BZIP_基本)PS00036型基本亮氨酸拉链(bZIP)域签名(PATTERN)

BZIP、PS50217标准基本亮氨酸拉链(bZIP)域配置文件(矩阵)


工具书类

1作者赫斯特H.C。
来源蛋白质教授2:105-168(1995)。

2作者埃伦伯格T。
来源货币。操作。结构。《生物学》第4卷第12-21页(1994年)。

作者Baranger A.M.公司。
标题辅因子-bZIP-DNA相互作用。
来源货币。操作。化学。《生物学》第2卷第18-23页(1998年)。
公共医疗ID9667910

4作者Ferre-D’amare公司。Prendergast G.C.公司。Ziff E.B.公司。白肋烟S.K。
来源《自然》363:38-45(1993)。

5作者埃伦伯格T.E。布兰德·C·J。斯特鲁尔·K。哈里森股份有限公司。
标题GCN4碱性区亮氨酸拉链将DNA作为不间断α螺旋的二聚体结合:蛋白质-DNA复合体的晶体结构。
来源细胞71:1223-1237(1992)。
公共医疗ID1473154



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