针对ChIP-Seq数据中转录因子结合位点的检测问题，提出了一种拓扑多重测试峰值检测方法。在对基因组上的标签计数进行核平滑处理后，在每个观察到的局部最大值处测试峰值的存在，然后在期望的错误发现率水平上进行多次测试校正。候选峰值的有效$p$-值是通过平滑泊松序列的蒙特卡罗模拟计算的，其背景泊松率是通过两个不同尺度的控制样本的线性回归获得的。该方法识别了其他方法无法识别的附近结合位点。