标签：微生物学

全面访问云中的微生物病原检测数据！

全面访问云中的微生物病原检测数据！

NCBI的病原体检测资源现在提供有关谷歌云平台（GCP）让您更好地接触到100多万个细菌分离物。

GCP数据包括：

  1. 来自MicroBIGG-E数据库抗微生物耐药性（AMR）、应激反应、毒力基因和基因组元件以及病原体隔离浏览器都可以通过以下方式访问谷歌BigQuery.
  2. FASTA格式的MicroBIGG-E序列可从谷歌云存储.

功能和优点

GCP上的病原体检测数据允许您进行比目前通过web或FTP更大规模的访问。值得注意的是，没有对MicroBIGG-E的FTP访问；网络界面限制为10万行，序列下载也受到限制。GCP没有此类限制。BigQuery上的MicroBIGG-E还允许您下载所有AMR提示增强版结果。目前，在100多万个病原体分离株中发现了2000多万行抗菌药物耐药性、毒力和应激反应基因以及点突变。

以下是两个研究人员使用MicroBIGG-E和AMFinderPlus数据推进抗菌药物耐药性研究的示例：

    • 确定红霉素抗性甲基转移酶（PMID：34795028).
    • 评估抗生素耐药基因的健康风险（PMCID：PMC8346589号).

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12月11日网络研讨会：在自己的数据上运行NCBI原核基因组注释管道（PGAP）

12月11日网络研讨会：在自己的数据上运行NCBI原核基因组注释管道（PGAP）

2019年12月11日星期三下午12点，NCBI工作人员将举办网络研讨会，向您展示如何使用NCBI的PGAP(https://github.com/ncbi/pgap)使用NCBI中使用的相同输入和应用程序，在您自己的数据上预测细菌和古生物基因组上的基因。您可以在自己的计算机、计算场或云中运行PGAP。此外，您现在可以向GenBank提交由您的PGAP副本注释的基因组序列。参加网络研讨会了解更多信息！

  • 日期和时间：2019年12月11日星期三12:00 PM–12:45 PM EDT
  • 注册

注册后，您将收到一封确认电子邮件，其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后，您可以在NCBI YouTube频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程页面.

新的搜索可以帮助您找到原核蛋白质

NCBI搜索体验的最新改进旨在帮助您快速找到微生物蛋白质。现在，当你搜索原核蛋白名称时，比如重组酶RecA在NCBI的序列数据库中或在所有数据库搜索，结果页面顶部的面板中突出显示了一个具有代表性的高质量蛋白质序列（图1）。

结果面板还允许您快速链接到相关资源，如NCBI蛋白质家族模型的新页面、相同的蛋白质组，以及SPARCLE公司，NCBI的蛋白质域架构资源。我们还提供了as-you-type建议，因此您不必键入一些长名称。

收入分配表

图1.重组酶RecA的搜索结果。该小组提供了分析工具、下载以及与蛋白质家族、RefSeq蛋白质、相同蛋白质组和PubMed引文相关的链接。

尝试这些或您自己的蛋白质名称搜索，并使用as-you-type建议来帮助您的搜索。

拜托让我们知道你多么喜欢这些结果！

非冗余refseq记录中蛋白质命名的证据（WP_加入）

我们现在展示的是用于为近70%（8300万）的微生物RefSeq蛋白指定名称的精选证据，如果可能，还包括基因符号、出版物和酶委员会编号。这个证据包括基于策划的隐马尔可夫模型（HMM）和基于BLAST的蛋白质家族的层次集合，以及保守的结构域。

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2019年8月13日至15日云黑客马拉松中的微生物毒力

2019年8月13日至15日云黑客马拉松中的微生物病毒

2019年8月13日至15日美国国立生物技术信息中心将在NIH校园举办生物信息学黑客马拉松！

我们特别寻找在计算微生物基因组学、进化生物学、抗菌药物耐药性和类似基因组分析方面有经验的人员。如果这描述了您，请应用！本次活动面向已经从事生物信息学数据使用或高通量实验大规模基因组分析管道开发的研究人员，包括学生和博士后（请注意，本次活动本身将侧重于开放获取公众）。

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NCBI科学家验证原核基因组中的分类身份

截至2018年3月装配数据库。随着数据库的增长，原核生物基因组的错误分配成为一个严重的问题。分类错误可以通过简单的提交错误发生，也可以随着新信息向分类树添加更多规范而累积。

A类纸张在《国际系统与进化微生物学杂志》上，介绍了NCBI科学家用于验证原核基因组分类身份的方法。作者使用具有最佳阈值范围的平均核苷酸鉴定方法对原核生物分类群进行了综述GenBank中的所有原核基因组组合。该方法依赖于型菌株信息，是2015年一次研讨会的成果之一，该研讨会涉及细菌学界的几个重要方面。

2017年夏季NCBI马拉松产品

这篇博文面向研究人员、学生和博士后，以及非科学开发人员、数学家和图书管理员。

今年夏天，我们忙于举办黑客马拉松比赛。这些活动教育参与者，允许计算生物学家之间建立网络，并产生生物信息学软件原型。请继续阅读2017年夏季黑客马拉松的产品评论。

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