标签:免疫球蛋白

Web IgBLAST现在可以确定免疫球蛋白同种型

我们向添加了一个新函数IgBLAST抗体在Web上。您现在可以根据恒定区(C)基因数据库(图1)搜索免疫球蛋白(Ig)核苷酸序列,以确定包括亚型(IgM、IgG、IgA1等)在内的Ig同种型。同型信息在重排汇总表中报告,C基因区域显示在比对部分。该功能现在可在IgBLAST web服务上获得,用于人类和小鼠序列,将来可能扩展到其他生物体。独立IgBLAST包尚未实现该功能。

图1.IgBLAST恒定区域数据库选择和重排汇总表,显示了顶部C基因匹配,本例中为IgHM。NCBI C基因数据库基于当前NCBI人类参考基因组注释.

新版本的IgBLAST(1.16.0)在这里!

我们发布了新版本(1.16.0)的IgBLAST抗体通用的NCBI软件包,用于分类和分析免疫球蛋白(IG)和T细胞受体(TCR)可变域序列。版本1.16.0有三个新的改进。

  1. 增加了在区域末端3'延伸J基因排列的能力(图1)。这允许您查看由于序列相似性较低而不包括的未对齐基。 IgBLAST_选项

图1。The new “extend alignment at the 3′ end” option on theIgBLAST网络表单。命令行选项为“-extend_align3end”。继续阅读“IgBLAST(1.16.0)的新版本在这里!”

新版本的IgBLAST(1.15.0)在这里!

IgBLAST抗体是一个流行的NCBI软件包,用于分类和分析免疫球蛋白(IG)和T细胞受体(TCR)可变域序列。我们发布了IgBLAST的新版本(1.15.0),其中包含四个新的改进/错误修复:

  1. 支持标准对齐格式和AIRR格式中的新框架区域4(FWR4)注释功能。
  2. 将之前的“-pennive”参数重命名为-V_penalty,以与其他IgBLAST惩罚选项保持一致。
  3. 恢复域注释(即FWR/CDR)的恒定内部BLAST搜索参数,以便此过程不受用户提供的参数的影响。
  4. 修正了某些小鼠VK和大鼠VH生殖系基因的FWR/CDR注释。

IgBLAST 1.15可用于下载从BLAST FTP区域。请参阅手册有关设置和运行IgBLAST的信息,请访问GitHub。

IgBLAST 1.9.0版本包括AIRR重排报告

IgBLAST 1.9.0支持适应性免疫受体(AIRR)序列分析结果的标准。AIRR格式可在web IgBLAST以及独立的IgBLAS工具中使用,带有-outmt 19选项。

在IgBLAST中支持这一新模式将加强越来越多的储备研究,这些储备研究使用下一代测序技术生成大量的Ig/T细胞受体重排分析数据。

IgBLAST有助于分析免疫球蛋白和T细胞受体可变结构域序列。打开IgBLAST文件传输协议。一本新手册正在发行github.

NCBI的新版本:IgBLAST 1.7.0和Sequence Viewer 3.21

IgBLAST 1.7.0版本

新版本的IgBLAST现已在上提供文件传输协议,具有以下新功能:

  1. 指定在匹配V、D和J基因时是否允许VDJ连接处重叠核苷酸。
  2. 设置自定义J基因不匹配惩罚
  3. 在子区域表中报告CDR3启动和停止位置
  4. 使用排列长度而不是百分比身份作为击球得分相同的击球的决胜分,提高了V、D、J基因分配的准确性。

NCBI开发了IgBLAST,以便于分析免疫球蛋白和T细胞受体可变域序列。

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