本文面向真菌研究人员以及RefSeq和BLAST用户。
真菌具有独特的特性,因此很难根据形态学对物种进行识别和分类。为了解决这些问题,NCBI的真菌分类学家Conrad Schoch和NCBI的真菌RefSeq策展人Barbara Robbertse与外部真菌学专家合作,正在从核核糖体RNA基因的内部转录间隔区(ITS)区域策展一组真菌序列。这套真菌分类群的标准DNA序列不仅解决了通过形态学鉴定和分类真菌物种的困难,而且对于分析环境(宏基因组学)测序研究也至关重要。在最近的一篇文章中描述了精心策划的ITS序列数据库(PMC免费文章),都有相关的样本数据,如果可能,从类型中的序列材料,确保正确的物种识别和名称更改跟踪。本文将向您展示如何访问这些ITS序列并使用专门的目标位置爆炸服务。
真菌ITS序列是RefSeq靶向基因座生物项目(项目编号:177353). 您可能知道生物项目是与单个倡议相关的生物数据的集合;在这种情况下,目标是从靶位点收集和保存真菌序列,靶位点是特定的分子标记,例如用于系统发育分析的蛋白质编码或核糖体RNA基因。
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