标签:生物医学文献

一个更现代化的PMC即将到来——让我们知道您在PMC实验室的想法!

我们正在更新PubMed Central(PMC),为您提供一个更现代化、更易于使用的网站,我们希望您提供反馈。这项工作的第一阶段现在正在进行PMC实验室供您探索和提供反馈.

在第一阶段,我们重点关注PMC平台的现代化,以创建一个更稳定、更易于更新的环境。这还包括对主页(图1)、站点组织和文章页面(图2)的一些初始更改。您在实验室网站上看到的许多更新为PMC和公共医学,重新组织文档,首先突出显示访问量最大和最重要的内容,并整合冗余功能以提供更顺畅的体验。请访问PMC实验室使用Labs页面右下角的按钮尝试PMC更新并提供反馈(图1)。一旦我们在实验室网站上收集到您的意见,我们将用新功能更新当前的PMC网站。

图1。PMC实验室主页具有PMC全文搜索栏、最常用文档的链接、不同PMC用户组(作者、出版商和开发者)的信息、存款统计、更新的“PMC新增部分”(未显示)以及反馈链接(圈出)供您提供意见和建议。 继续阅读“一个更现代化的PMC即将到来–让我们知道您在PMC实验室的想法!”

新PubMed更新和旧PubMed10月31日退役

自5月份以来,新PubMed一直是默认的,超过99%的用户正在使用新网站。最近NLM技术公告详细介绍了我们根据您的请求添加到新PubMed中的功能。

与新PubMed并行使用的Legacy Pub Med将在2020年10月31日在可预见的未来,我们将继续通过使用遗留系统的电子实用程序提供对PubMed的API访问,直到我们能够过渡到访问新系统的API。

我们知道,适应变化并在新界面中找到最喜欢的功能需要时间。有几个学习和培训资源可以帮助您使用新的PubMed:继续阅读“PubMed的新更新和10月31日旧PubMeds的退役”

全新改进的PubMed®-我们正在聆听

今天是新的5周公共医学被设置为默认版本。在整个过程中,我们承诺会倾听,我们也收到了您的来信!

这是一个巨大的变化

我们知道改变并不总是容易的,尤其是对熟悉的服务或产品进行重大改变时。我们坚信只要有可能,就要进行渐进式的更改:发布小的改进,观察效果,收集用户反馈,然后使用这些数据进行进一步的修改。这一次,改进PubMed的渐进方法不可行。为了PubMed的可持续发展,我们需要在幕后做出重大改变(新的数据库、云交付、新的网络架构等)。

用户反馈是无价的:在PubMed存在的24年里,它在更新中发挥了巨大的作用,而且还在继续。为了准备新的PubMed,我们推出了测试版2017年,然后称为PubMed实验室,以建立新框架并征求用户反馈。在开发过程中以及此后,我们通过演示、网络研讨会、讲义、常见问题解答工具包和教程,包括四个90分钟的在线课程系列,PubMed®的工作原理,其中许多仍然可用。

我们了解到,并不是每个人都有机会让新PubMed体验它的速度,我们感谢您在这一过程中提供反馈的人,无论是通过使用反馈按钮发送问题或评论,还是通过与我们讨论您如何完成Pub Med的工作,或是通过填写调查。

对一些人来说,上个月PubMed的新版本成为默认版本时,这是一个巨大的转变。您习惯于使用系统的方式发生了变化。我们从你们中的一些人那里听说,你们已经习惯了PubMed上的一个特殊功能,现在你们不知道在哪里可以找到它。

继续阅读“新的和改进的PubMed®-我们正在倾听”

CORD-19:一种新的机器可读COVID-19文献数据集

你有兴趣挖掘有关新冠肺炎和新型SARS-Cov-2病毒的文献吗?您可能想查看COVID-19开放研究数据集(CORD-19)。CORD-19系列是由PMC、WHO、bioRxiv和medRxiv收集的13000多篇关注新型冠状病毒和冠状病毒的全文文章。为了制作这个数据集,国家医学图书馆与艾伦人工智能研究所、Chan Zuckerberg倡议(CZI)、乔治敦大学安全与新兴技术中心(CSET)、微软公司Kaggle和白宫科技政策办公室(OSTP)的同事合作。

CORD-19可用并将每周更新新文章。文章数据采用JSON格式,这使得该集合非常适合于数据挖掘、机器学习和自然语言处理等计算方法。我们希望这一系列能够成为行动呼吁让社区更好地了解冠状病毒及其引起的人类疾病。看看吧,让我们知道你的想法!

新PubMed更新:用户指南、MyNCBI等

您可能已经听说,我们正在开发PubMed的新版本,我们最近发布了一些新功能,您可以查看。

A类新用户指南回答了关于如何最好地使用新网站的许多常见问题。我们还添加了有关新建PubMed主页到许多热门网站,包括电子公用事业,高级搜索、和MeSH数据库.

操作菜单(图1)现在包含收藏我的书目,允许您管理和共享引用组。运行搜索后,您还会在搜索框下找到一个“创建警报”链接,用于为您的搜索设置自动My NCBI电子邮件更新。

新PubMed上的操作菜单
图1。新的PubMed搜索结果页面显示了新的“创建警报”链接和更新的操作菜单。

展望未来,我们将继续开发新功能,直到新版本的PubMed取代传统的PubMed。随着这一进程的推进,我们很想听听您对这些新增功能的看法!请使用“反馈”按钮(在新PubMed的每一页上都有)提交您的评论、问题或担忧。

在PubMed实验室中尝试我们新的实验性PubMed-搜索和用户界面

NLM需要您的投入。我们正在试验一种新的PubMed搜索算法,以及一个现代的、第一个移动用户界面,想知道您的想法。你可以在PubMed实验室,我们创建的网站正是为了给潜在的新PubMed功能提供试驾和收集用户意见。

请注意,PubMed实验室目前只包含有限的一组功能,而不是完整的PubMed工具集。PubMed实验室中缺少功能或工具并不意味着我们计划将其从Pub Med中删除;这仅仅意味着我们现在没有测试它!

我们正在测试的关键要素包括:

在PubMed实验室中,搜索结果按最佳匹配列出。最佳匹配按钮位于右上角;您还可以单击“最近”按钮(位于“最佳匹配”右侧)以按日期排序。

  • 一种新的搜索算法 对查询的最佳匹配项进行排序

基于对从匿名PubMed搜索日志中获得的数据的分析,我们开发了一种新算法,我们认为该算法可以更好地根据搜索结果与查询的相关性或“最佳匹配”对搜索结果进行排序。这个新算法结合了机器学习来重新排序返回的热门文章。

我们对这个算法的结果感到非常兴奋,我们已经在PubMed中实现了它,但它仍然是实验性的,我们非常感谢您的想法。我们在PubMed实验室进行的部分测试是将最佳匹配作为默认排序,而不是PubMed默认的按最新文章排序。如果您发现自己更喜欢按最新的文章排序,只需单击一个按钮即可。

对新算法的细节感兴趣吗?你可以在这里读到更多NLM技术公告.

继续阅读“在PubMed实验室中尝试我们新的实验性PubMed-搜索和用户界面”

糖生物学概要,第三版和新糖网站现已在NCBI上提供

糖生物学概要,第三版和新糖网站现已在NCBI上提供

糖生物学是研究聚糖(所有活细胞合成的糖链)的结构、生物合成、生物学和进化的科学,是自然科学中一个迅速发展的领域,与基础研究、生物医学和生物技术的许多领域都有着广泛的关系。

NCBI有两种新的糖生物学资源:该领域权威性工作的第三版,糖生物学基础,和一个新的NCBI甘氨酸网站其中包括一些有用的外部资源以及聚糖符号命名法(SNFG).

糖生物学要点

继续阅读“糖生物学概要,第三版和新糖网站现已在NCBI上提供”

识别和关联化学名称和同义词

这篇博客文章是为那些在PubMed和PubChem等数据库或他们自己的科学论文中引用化学名称/符号和同义词的人而写的。有一个类似职位基因符号和名称。

在研究和出版过程中,科学家需要参考他们感兴趣的化学物质。虽然有标准化的术语(IUPAC公司,微笑InChI公司TM(TM)等),不同的实验室有时对同一种化学物质使用不同的名称。

这个NCBI PubChem项目建立了一个系统来识别和关联这些不同的名称以及文献中使用的“别名”、“同义词”或“也称为”术语。

继续阅读“识别和关联化学名称和同义词”

化脓性链球菌“A至Z”在新书中有介绍,在NCBI书架上免费提供

化脓性链球菌“A至Z”在新书中有介绍,在NCBI书架上免费提供

俄克拉荷马大学健康科学中心出版了一本名为“化脓性链球菌:《基础生物学到临床表现》,该书对细菌研究进行了全面综述化脓链球菌“可在NCBI的书架上免费获取,网址为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK333424/.
NCBI书架上的S.pyogenes书

化脓性链球菌(A组链球菌)引起猩红热、咽炎、脓疱病、蜂窝织炎、坏死性筋膜炎和中毒性休克综合征等疾病,以及风湿热和急性链球菌后肾炎的后遗症。这本书旨在提供关于化脓性链球菌,包括其基础生物学、流行病学、遗传学和促进A组链球菌感染的途径。继续阅读“化脓性链球菌”A至Z“新书封面,NCBI书架免费提供”