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向GenBank提交mRNA序列的新向导

向GenBank提交mRNA序列的新向导

你提交真核细胞核mRNA序列给GenBank(基因银行)? 新的mRNA提交向导可用!基于现代提交门户框架,此新向导将为您带来增强的体验,包括: 

    • 针对mRNA序列的指导提交经验 
    • 矢量的自动修剪和短序列的删除 
    • 更容易输入源元数据 
    • 编码区域(CDS)和未翻译区域(5'UTR,3'UTR)的新功能注释web表单  
    • 广泛的功能预览(图1) 
    • 更快的序列处理和登录分配 
    • 在加入分配之前访问修复错误工作流 

观看短视频(4分钟)了解如何在这个新向导中注释CDS功能!  继续阅读“向GenBank提交mRNA序列的新向导”

BankIt中的特征传播:轻松地一次注释多个序列以供GenBank提交

您是否需要一种快速的方法来为GenBank提交的类似序列集的功能添加注释?现在,您可以在中以对齐格式提交来自相同区域或基因的序列BankIt银行并使用新的“特征传播选项”(图1)将单个序列的特征应用于其他对齐序列。您只需注释一个序列,然后在提交的所有序列中复制该注释。

以下是如何通过三个简单步骤传播功能:

  1. 提供核苷酸序列在中对齐格式.
  2. 选择并对其进行注释。
  3. 传播功能并编辑结果。

继续阅读“BankIt中的功能传播:轻松地一次注释多个序列以供GenBank提交”

2018年核酸研究数据库发布的5篇NCBI文章

2018年核酸研究数据库发布的5篇NCBI文章

这个2018年核酸研究数据库问题介绍了NCBI工作人员的几篇论文,涵盖了数据库的现状和未来,包括CCDS、ClinVar、GenBank和RefSeq。这些论文也可以在公共医学。要阅读文章,请单击下面列出的PMID编号。

继续阅读“2018年核酸研究数据库期刊5篇NCBI文章”

如何格式化GenBank提交的序列数据

起初,向GenBank提交序列看起来很复杂,但从一个格式正确的文件的坚实基础开始,可以使过程顺利进行。

在向GenBank提交序列数据之前,必须正确格式化数据,最常见的文件格式是FASTA。本文将向您展示如何创建FASTA文件以提交单核苷酸序列和多核苷酸序列。

提交者可以使用NCBI的独立软件Sequin、命令行tbl2asn或我们的基于web的提交工具BankIt上传FASTA格式的序列文件。

下图描述了FASTA格式的单个序列。对于多个序列,例如人口或系统发育研究、环境样本和同一基因的批序列,使用以下步骤创建文件,并将序列集放在一个FASTA文件中。

图像

以下是如何创建FASTA文件:

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