标签：细菌耐药性

用新的MicroBIGG-E图查看微生物AMR基因的全球分布

用新的MicroBIGG-E图查看微生物AMR基因的全球分布

图形显示提供了探索数据的新方法！

NCBI的病原体检测项目提供用于识别遗传和基因组元素的微生物浏览器(微型BIGG-E)它可以让您浏览来自NCBI隔离浏览器. 

我们很高兴介绍MicroBIGG-E地图，一个易于使用的可视化工具，可帮助您快速轻松地探索和比较MicroBIGG-E数据的全球分布与位置信息。查看MicroBIGG-E地图详细信息页面有关显示数据的更多信息。  继续阅读“使用新的MicroBIGG-E图查看微生物AMR基因的全球分布” →

全面访问云中的微生物病原检测数据！

全面访问云中的微生物病原检测数据！

NCBI的病原体检测资源现在提供有关谷歌云平台（GCP）让您更好地接触到100多万个细菌分离物。

GCP数据包括：

  1. 来自MicroBIGG-E数据库抗微生物耐药性（AMR）、应激反应、毒力基因和基因组元件以及病原体隔离浏览器都可以通过以下方式访问谷歌BigQuery.
  2. FASTA格式的MicroBIGG-E序列可从谷歌云存储.

功能和优点

GCP上的病原体检测数据允许您进行比目前通过web或FTP更大规模的访问。值得注意的是，没有对MicroBIGG-E的FTP访问；网络界面限制为10万行，序列下载也受到限制。GCP没有此类限制。BigQuery上的MicroBIGG-E还允许您下载所有AMR提示增强版结果。目前，在100多万个病原体分离株中发现了2000多万行抗菌药物耐药性、毒力和应激反应基因以及点突变。

以下是两个研究人员使用MicroBIGG-E和AMFinderPlus数据推进抗菌药物耐药性研究的示例：

    • 确定红霉素抗性甲基转移酶（PMID：34795028).
    • 评估抗生素耐药基因的健康风险（PMCID：PMC8346589号).

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AMRFinder的新出版物，一种识别病原体基因组中抗性基因的工具！

阅读最近的出版（PMID:31427293)在AMRFinder上，这是一种使用高质量的AMR基因筛选细菌基因组序列中的抗菌耐药性（AMR）基因的工具参考数据库我们使用AMRFinder在NCBI每天收到的数百个细菌基因组中鉴定AMR基因，AMRFinder's的结果用于NCBI的隔离浏览器提供AMR基因含量的准确评估。您可以在本地安装AMRFinder并自己运行它。按照我们的GitHub站点.

自出版以来，我们已将AMRFinder升级为AMRFinder另外。现在增强的工具

  • 支持基于蛋白质注释、核苷酸序列或两者的搜索以获得最佳结果
  • 识别点突变弯曲杆菌, E.公司。 大肠杆菌、志贺氏菌、和沙门氏菌
  • 选择性地识别与杀菌剂、耐热性、金属和抗应激性有关的许多基因，以及许多抗原性和毒性基因
  • 提供有关基因功能的信息，包括对个别抗生素和其他表型的耐药性

您可以在国家抗生素抗性生物数据库.

利用国家抗生素抗性生物数据库迅速追踪病原生物

为了应对抗生素耐药性（AMR）不断上升的威胁，NCBI建立了国家抗生素抗性生物数据库（NDARO）。使用NDARO，您可以：

图1
图1。根据日期、位置和抗生素耐药性筛选隔离物浏览器结果（无论该隔离物是否具有任何AMR基因或提交的任何抗菌敏感性测试（AST）表型）。

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