您是否使用人类衍生序列数据?您是否经常需要确定您的数据是否没有人类序列,因此是否适合公开发布?我们鼓励提交者在提交给SRA之前,从数据文件中筛选并删除受污染的人为读取。为了支持调查人员的这项工作,我们提供了一种工具,可以从您提交的SRA中去除人类序列污染!
人工读取删除工具(HRRT)
人工读取清除工具(HRRT;也称为人工洗涤器)可在github和DockerHub接口HRRT基于SRA分类分析工具(STAT)将以fastq文件作为输入,并生成fastq.clean文件作为输出,在该文件中,所有识别为潜在人类源的读取都用“N”屏蔽。
您还可以要求NCBI将HRRT应用于链接到您提交的所有SRA数据生物项目(更多信息见下文)。如有要求,之前提交给BioProject的所有数据都将排队等待清理,而任何未来提交给BioSProject的数据都将在加载时自动清理。
当提交的内容可能被未经同意公开展示的人类阅读内容所污染时,此工具尤其有用。临床病原体和人类宏基因组样本是常见的提交类型,可从应用人类洗涤器工具中获益。
有关基因组数据共享政策的更多信息,请咨询机构审查委员会和美国国立卫生研究院基因组数据共享政策提交方有责任确保他们对公开发布人类序列数据有适当的同意,而无需访问控制。
如何将HRRT应用于我提交的SRA?
如果您希望将HRRT应用于您提交的SRA,请发送电子邮件至SRA服务台并请求为您的生物项目激活HRRT。请在请求中包含您的生物项目加入或提交ID,以避免延误。至少在预期发布日期前一周提交序列数据,以确保有足够的时间进行筛选。
其他资源
测试
DockerHub和GitHub存储库包含一个最低限度的测试,确保所有组件都能正常工作。此外,核心洗涤器二进制(对齐(_to))受持续集成(CI)方案的约束,该方案使用自动测试来进行任何代码更改。
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