轻松区分反向对齐
我们很兴奋地宣布更新NCBI比较基因组查看器（CGV）它允许您快速确定对齐线段的相对方向. CGV公司显示了两个不同真核生物组合之间的全基因组比对（图1）。
在查看器中，单个排列区域由两条染色体之间的彩色带连接。根据两个部件上的对齐序列是否位于相同方向(向前）或相对方向相反。正向a对齐由绿色标注带连接，而反向对齐由紫色标注带连接。反向比对代表局部基因组倒置或倒置易位，并可能指出两个组合之间存在显著生物学差异的区域。
图1。A类对齐的一条染色体甘蓝型油菜Brassica_napus_组件_v1.0(GCF_000686985.1号)（顶部）和全基因组甘蓝型油菜运动内衣_ 2.0版(GCF_000686985.2号)（底部）显示方向相同的对齐区域（绿色条带）和相对反向的对齐区域。
此外，当您放大时，表示反向对齐的条带也会显示扭曲（twist-tie）形式，指示方向的反转（图2）。
图2。两个组件（Brassica_napus_assembly_v1.0）上分段之间反向对齐的特写视图(GCF_000686985.1号)（顶部）和Bra_napus_v2.0(GCF_000686985.2号)（底部））。扭曲的蓝色带表示对齐段中的相对反转。
您可以使用比较查看器下的选项选择简化视图，以仅显示正向或反向对齐。 这些选项允许你要更容易、更快地找到重要基因组重排区域.
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CGV支持 美国国立卫生研究院比较基因组学资源（CGR）是一个NLM项目，旨在建立一个生态系统，以促进可靠的比较基因组分析 适用于所有真核生物。
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