结构查看器iCn3D 2.20.0具有新功能,包括查看静电势图!

NCBI结构查看器iCn3D2.20.0现已在NCBI网站上提供github现在,您可以查看30000个原子内任何3D结构子集的静电势图。电势使用德尔菲程序通过求解线性泊松-玻尔兹曼方程。您可以显示曲面上的电位或显示等电位图。势图定性地显示了电荷对分子相互作用的影响。

这个例子下图1显示了Gleevec与人Abl2蛋白结合的静电势。可以从菜单“分析>DelPhi电位”访问此新功能。您也可以下载带有指定部分费用的PQR文件格式。

图1:3GVU(全球价值单位):人ABL2与GLEEVEC复合物的晶体结构。配体显示-25 mV(红色)和+25 mV(蓝色)等电位图,网格尺寸为65,盐浓度为0.15 M,pH值为7。蛋白质的表面电位梯度为-75 mV(红色)到+75 mV(蓝色)。 

下面列出的其他最近引入的功能以及更多功能如链接所示 示例iCn3D文档上的。

  • 观察到的选定严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型结构的序列变化的可视化
  • 通过小部件“icn3dpy”在Jupyter笔记本中提供iCn3D
  • 绑定站点或交互界面的可视化
  • 能够导出模型以进行三维打印
  • 显示跨膜蛋白
  • 显示表面图、EM图或电子密度图
  • 查看1D序列和2D交互
  • 将两个结构、两条链或一个蛋白质序列与一个结构对齐,并重新对齐这些对齐
  • 添加各种格式的自定义曲目(FASTA、床文件等)
  • 显示交互的力定向图
  • 计算和显示溶剂可及表面积(SASA)
  • 可用时显示对称性

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