NCBI RefSeq已完成新鼠标引用程序集GRCm39的初始注释最近发布由基因组参考联盟这是自2012年发布GRCm38以来首次对鼠标引用进行坐标更改更新，解决了400多个问题，几乎使脚手架N50翻倍，缩小了几乎一半的差距，并增加了1.9 Mb的序列。这是一件大事！
图1。Genome Data Viewer显示了小鼠假常染色体区域的注释，其中包括之前缺失的四个基因的注释：Sts、Nlgn4l、Akap17a和2510022D24Rik.
NCBI RefSeq是第一个发布GRCm39注释的资源，称为小肌肉注释版本109包括：
- 超过45000份人工管理的抄本，与我们最近注释的内容几乎匹配GRCm38.p6型帮助过渡到新的基因组。
- 一组重新计算的模型使用了170多亿个RNA-seq读取和7600万个PacBio和Oxford Nanopore长转录组读取作为支持证据。
- 注释基因的新预测（3%）。
一个改进的区域是X染色体和Y染色体之间共享的伪常染色体区域，组装起来特别困难。GRCm39中的ChrX PAR区域包含四个先前缺失的新基因：Sts、Nlgn4l、Akap17a和2510022D24Rik（图1）。
我们将致力于这一新集合的未来管理，并深入研究有助于改善基因表现的区域。
您可以从我们的FTP站点或从我们的新NCBI数据集服务NCBI中也有基因组数据查看器包括58个样本的RNA-seq表达轨迹、GRCm38的组装比对和其他小鼠组装，等等。您可以使用NCBI重新映射服务将基于GRCm38或其他小鼠组件的基因组数据转换为新的参考组件坐标。