Orthologs在RefSeq中是A-Swiming和A-Buzzing!

以前我们写了关于果蝇RefSeq中的注释。我们很高兴地报告,我们也在改进如何计算和报告鱼和昆虫帮助你发现跨物种进化相关的基因。目前,当我们使用我们的内部注释脊椎动物基因组时真核生物基因组注释管道,我们有一个稳健的过程,使用BLAST比较和局部同步性的组合来识别1:1的直系图与人类。这些结果可在NCBI基因和我们的新Ortholog页面,也在上Gene的FTP站点我们还使用这些数据将人类基因和蛋白质名称应用于其他物种的直系生物,为数百种脊椎动物提供了非常丰富的注释。

对于鱼类,我们现在使用的是两层流程。首先,现在大多数鱼类与斑马鱼的直系同源性为1:1,这通常会导致识别出50%以上的直系祖先。其次,如果我们已经确定了斑马鱼基因的人类直系同源物,那么我们也报告了人类基因。我们还主要转向应用斑马鱼而非人类的基因符号和名称,主要由斑马鱼信息网络提供(ZFIN公司)其他鱼类的直系祖先。最终的结果是更多的正交连接和更好的命名。例如,许多鱼类都有两个相关的同源异型盒基因梅斯2a梅斯2b,与单曲相比中小企业2人类的基因。我们的更新流程使我们能够识别并正确命名meis2a和meis2b7340鱼类物种。

昆虫

我们还在基因FTP网站上发布了100多种昆虫的形态数据集,与之相比黑腹果蝇普通昆虫有一半的编码基因被鉴定为同源基因,而大多数昆虫的同源基因增加到80%以上果蝇物种。我们仍在努力在网络上公开这些数据,但对于初学者来说,您可以使用新的命名报告(基因_信息)和基因本体数据来源于D.melanogaster,或使用基因2参考序列.

您可以在上了解有关这些数据集的更多信息TAGC 2020在线其中包括关于鱼的海报演示(#739安)和昆虫(#568安)数据集(无需会议注册)。如果您对这些数据和工具有任何意见或疑问,请告知我们。我们很乐意收到你的来信!

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