新版本的IgBLAST(1.16.0)在这里!

我们发布了新版本(1.16.0)的IgBLAST抗体通用的NCBI软件包,用于分类和分析免疫球蛋白(IG)和T细胞受体(TCR)可变域序列。版本1.16.0有三个新的改进。

  1. 增加了在区域末端3'延伸J基因排列的能力(图1)。这允许您查看由于序列相似性较低而不包括的未对齐基。 IgBLAST_选项

图1。The new “extend alignment at the 3′ end” option on theIgBLAST网络表单。命令行选项为“-extend_align3end”。

2.增加了对AIRR complete_vdj字段的支持。此字段已标记如果序列比对跨越整个V(D)J区域,从编码成熟多肽链的第一个V基因密码子到J基因的最后一个完整密码子,在J-C剪接位点之前,则为true。这不受路线内部FWR和CDR区域内删除的影响。

3.增加了对定制生物体的支持。现在,只要您能够提供注释文件,就可以将IgBLAST用于您自己感兴趣的有机体。

另一个变化是,我们删除了IgBLAST中未使用的标准BLAST。

你可以下载新的释放来自FTP站点。查看GitHub手册了解更多详细信息。

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