基因组组装的新下载文件和FTP目录

您现在可以下载NCBI最近注释的物种的新文件类型真核基因组注释管道来自装配网页和来自基因组/refseqFTP区域。新的文件类型包括将带注释的抄本与BAM格式的程序集对齐,所有模型都由格诺蒙、和-对于已多次注释的物种-文件,描述当前注释和之前注释之间的特征-特征差异。

对程序集下载的更改

新选项位于搜索结果和记录显示中出现的Assembly下载菜单中(图1)。

装配_下载图1。西部低地大猩猩代表性基因组的汇编页(GCF_008122165.1). 单击蓝色的“下载程序集”按钮可以选择要下载的文件。新类型的文件用红色框住。例如,选择“RefSeq transcript alignments”以BAM格式下载这些文件。

基因组FTP目录的更改

您可以访问FTP站点上新创建的注释发布(AR)目录基因组/refseq。这些目录具有以下结构:

refseq/organis_group/genus_species/annotation_releases

例如,您将发现northern pike的最新注释版本(AR 103)(梭子鱼)英寸

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genemos/refseq/cirbrate_other/Esox_lucius/annotation_releases/current

对于每个有机体,注释发布标识符从100开始按顺序编号,并且独立于所使用的程序集。

我们正在为NCBI真核基因组注释管道注释的500多种物种的最新注释版本添加文件基因组/refseq。2020年2月1日,我们将停止将注释结果发布到紧邻的较旧genus_species目录基因组。之后,您可以从基因组/refseq/如上所述的目录以及基因组/全部/注释释放/我们根据分类id组织数据的目录。从2020年2月1日起,我们将把基因组/genus_species目录移动到基因组/档案/旧版本/.

立即通过装配资源或基因组/refseqFTP区域!

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