月份：2019年12月

GenBank版本235

GenBank版本235

GenBank版本235.0（2019年12月11日）现已在NCBI上提供文件传输协议现场。此次发布有7万亿个基数和17.4亿个记录。

当前版本有215333020条传统记录，包含388417258009个碱基对的序列数据。还有1127023870个WGS记录，其中包含6277551200690个序列数据的碱基对，367193844个批量定向TSA记录，其中包括325433016129个序列数据碱基对；28227180个批量定向TLS记录，中包含11280596614个序列数据基对。

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线粒体COX1提交改进现在在线提交门户！

GenBank提交者，您现在可以使用新工作流（图1）具有改进的界面、增强的验证和自动COX1 CDS功能注释。使用此工具提交线粒体COX1数据后，您将有一个有用的页面来参考您的提交信息：登录号、COX1提交状态、相关文件等。此外，您还可以修复此页面中的任何错误。

COX1_提交2
图1。选择线粒体COX1提交选项的提交门户页面（红色方框）。该服务可以选择其他目标提交，包括核糖体RNA（rRNA）、rRNA-ITS、流感病毒和诺如病毒序列。

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ClinVar庆祝100万次提交

ClinVar庆祝100万次提交

100万

 

文本：ClinVar中提交的100万条记录代表568000多个独特变体ClinVar自豪地宣布向其数据库提交了第一百万条记录。

第一百万份提交报告于2019年12月20日星期五发布，这是一项里程碑式的成就，为临床遗传学和研究界提供了公开获取人类变异数据的途径。

ClinVar感谢许多实验室、合作伙伴和社区成员，他们的努力和采用数据共享实践为这一成就铺平了道路。所有为ClinVar的遗传学资源做出贡献的组织都分享了这一成就，并为ClinGen及其若干成员保留了特别认可，包括EGL Genetic Diagnostics/Eurofins Clinical Diagnostics、GeneDx、Invitae和Laboratory for Molecular Medicine/Partners HealthCare Personalized Medicine，他的早期提交帮助启动了ClinVar的数据库。

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BLAST+2.10.0现已提供改进的基于合成的统计数据

BLAST+2.10.0版本现在可以从我们的FTP站点。新版本提供了以下改进：

  • 更新了蛋白质-蛋白质（包括翻译的BLAST）比较的基于合成的统计数据，以便在请求少于默认结果数时提供稳定的结果
  • 一个实验性的基于自适应合成的统计选项，增加了发现新结果的可能性。要启用此选项，请将环境变量ADAPTIVE_CBS设置为1反馈在这个新选项上。

请参阅发行说明有关此版本的更多改进和错误修复的详细信息。

新版本完全支持带有内置分类法和其他改进的版本5（v5）数据库。有关v5数据库的更多信息(下载)，请参阅上一个NCBI见解文章和记录我们的网络研讨会。如果您仍在使用旧版本4（v4）数据库，我们建议您尽快开始使用v5版本。我们会的2020年初停止更新旧的v4数据库。

基因组工作台现在在云中！

如果你对可视化和分析基因组数据感兴趣，那么你会想看看一种新的运行方式基因组工作台：在云中！Genome Workbench是一个桌面应用程序（包括Windows和Mac），可以在一个地方分析基因组数据。您可以运行BLAST等工具并创建多序列比对等视图。您可以从本地桌面计算机在云环境中运行Genome Workbench。这个手册会告诉你怎么做。

blog-525_云图形

在云中使用Genome Workbench有很多优点：

  • 您可以轻松地将数据与完整的GenBank和RefSeq数据集进行比较，而无需下载
  • 您可以对标准数据库或您在云中组装的任何自定义数据库运行BLAST搜索
  • 所有数据（例如FASTA、BAM、GFF文件）都保留在云中，不需要本地副本
  • 你不会为下载数据支付出口费

试试看，让我们知道进展如何！

BankIt中的特征传播：轻松地一次注释多个序列以供GenBank提交

您是否需要一种快速的方法来为GenBank提交的类似序列集的功能添加注释？现在，您可以在中以对齐格式提交来自相同区域或基因的序列BankIt银行并使用新的“特征传播选项”（图1）将单个序列的特征应用于其他对齐序列。您只需注释一个序列，然后在提交的所有序列中复制该注释。

以下是如何通过三个简单步骤传播功能：

  1. 提供核苷酸序列在中对齐格式.
  2. 选择并对其进行注释。
  3. 传播功能并编辑结果。

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基因组组装的新下载文件和FTP目录

您现在可以下载NCBI最近注释的物种的新文件类型真核基因组注释管道来自装配网页和来自基因组/refseqFTP区域。新的文件类型包括将带注释的抄本与BAM格式的程序集对齐，所有模型都由格诺蒙、和-对于已多次注释的物种-文件，描述当前注释和之前注释之间的特征-特征差异。

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即将推出：新的NIH手稿提交（NIHMS）系统！

为了体现国家医学图书馆（NLM）对美国国立卫生研究院（NIH）及其他机构公共访问支持的持续承诺，我们很高兴地宣布，新的NIHMS系统将于2020年初发布。这一新系统的目的是简化提交过程，确保公开获取的手稿的持续质量，并为作者和调查人员提供更透明的选择，以避免处理延误。

熟悉当前NIHMS系统的人会发现，提交、审查和批准要纳入PMC的手稿的基本步骤在新系统中没有改变。他们将看到更新的用户界面，简化了返回用户的登录过程；全程提供上下文帮助；并提供用户友好的选项，用于导入文章元数据、请求更正以及接管暂停提交的审阅者角色。此视频中提供了这些更新的详细信息和更多信息：

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