我们将帮助运行scopeathon(2020年1月16日至17日)。本次活动的重点是规划和设计软件,通过使用元数据动态标记,从生物体和一般水平的图形基因组中提取价值。我们正在寻找有兴趣将社区级基因组描述为图形或解决与特定基因组复杂表型相互作用问题的人。如果这描述了您,请应用!我们还鼓励将在圣地亚哥参加国际动植物基因组第二十八届会议以应用。该活动向任何被选中并愿意前往圣地亚哥的人开放。我们将使用来自以下生物群的数据:
- 病毒
- 微生物(细菌和古菌)
- 人类
- 植物(玉米/小麦,其他)
- 动物
物流
活动时间为每天上午9点至下午5点,晚上可选择参加社交活动。我们将组建由五六名具有不同背景和专业知识的个人组成的工作组,组成五至八个团队,由经验丰富的领导组成。这些团队将确定范围并设计管线,以探索图形基因组的潜力。团队将使用现有数据类型,并根据需要为新数据类型创建规范。我们将使用传统元数据和索引数据,例如与基因组亚区相关的蛋白质域。
此活动不收取注册费。
注:参与者必须携带自己的笔记本电脑参加本课程。此次活动不提供旅行、住宿或餐饮方面的财务支持。
组织
在简短的组织会议之后,团队将花两天时间解决与一组数据集相关的一组具有挑战性的科学问题。参与者将计划如何分析和组合数据集,以解决这些问题。在这两天里,我们将一起讨论每个主题的进展、生物信息学最佳实践、软件架构等。
数据集集合
我们将使用来自公共存储库的元数据,如NCBI BioSample、dbSNP和ClinVar,以及其他表型数据库图像堆栈和表型数据也可以从各种实验室获得。
产品
我们将使本次活动中生成的所有管道、其他脚本、计划和架构在专用公众上可用GitHub存储库.
每个团队可以向适当的期刊提交描述其创建的软件工具的设计和使用的手稿,例如F1000研究黑客马拉松频道, BMC生物信息学, Giga科学, 基因组研究,或计算生物学.
应用程序
请填写申请表.申请到期2019年12月21日,东部时间下午3点。我们将根据学员的经验和参加动机选择学员。
我们鼓励之前的参与者和之前的申请人申请。国际申请人或具有特定技能的申请人可能会被提前录取。如果这影响了您的旅行考虑,请在表格上注明并联系本·巴斯比。如果您确认,请确保您可以参加。确认和不参加将阻止其他科学家参加这项活动。
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