月份:2019年7月

8月14日网络研讨会:PubMed正在更新中!

8月14日网络研讨会:PubMed正在更新中!

2019年8月14日星期三上午11点,NCBI工作人员将带您参观PubMed实验室,将成为默认测试站点公共医学明年初。您将预览新的、现代的界面、更新的功能,包括高级搜索、剪贴板、共享结果的选项,以及新的“引用”按钮。您还将了解到仍在开发中的功能,以及如何向我们提供有关新PubMed的反馈。

8月14日的网络研讨会已满。我们将提供录音,并将于2019年8月28日再次播放

寄存器8月28日的会议。

日期:2018年8月14日,星期三
时间:美国东部夏令时上午11:00–11:45

注册后,您将收到一封确认电子邮件,其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后,您可以在NCBI上查看录制YouTube频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程第页。

UniGene网页现已退役

与我们之前一样宣布,我们计划于2019年7月底退役UniGene网页。所有UniGene页面现在都重定向到此帖子。我们还从NCBI主页和其他资源中删除了UniGene的链接。

虽然网页不再可用,但您仍然可以从FTP站点。您还可以通过搜索带有UniGene簇号的Gene,将UniGene聚类号与Gene记录进行匹配。为了获得最佳结果,请限制为“UniGene Cluster Number”字段,而不是Gene中的所有字段。例如,使用Mm.2108[UniGene聚类号]找到小鼠转甲状腺素基因记录(变压器).您可以使用高级搜索页面以帮助构建这些搜索。 请记住,基因记录包含选定的参考序列和GenBank mRNA序列,而不是UniGene簇中更大的表达序列集。

拜托给我们写信如果您需要使用UniGene数据的帮助,请提供任何评论、问题或建议。

非冗余refseq记录中蛋白质命名的证据(WP_加入)

我们现在展示的是用于为近70%(8300万)的微生物RefSeq蛋白指定名称的精选证据,如果可能,还包括基因符号、出版物和酶委员会编号。这个证据包括基于策划的隐马尔可夫模型(HMM)和基于BLAST的蛋白质家族的层次集合,以及保守的结构域。

继续阅读“在非冗余refseq记录(WP_加入)上命名蛋白质的证据”

EST和GSS数据库现已退役

2018年7月,NCBI宣布退役EST和GSS数据库的计划,我们现在已经实现了这些更改。我们将继续接受EST和GSS序列的提交,但不再为这些序列类型提供特殊流程。如果您想提交EST和GSS数据,请使用tbl2asn(待定)。有关更多详细信息,请访问https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/dbest/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/dbgss网址/或联系gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov.

我们感谢所有过去和现在的EST和GSS数据提交者,感谢他们多年来为众多基因组测序项目提供的宝贵利益。如果您对这些更改有任何疑问或担忧,请告知我们!

寻找一组扩展的相似基因的新方法

我们最近向您展示了一种新的搜索和查看方法一组同源基因来自脊椎动物。你现在可以得到一组额外的搜索结果,我们称之为相似基因。这些是相关的通过蛋白质结构到同源基因集,包括来自所有后生动物和选定植物、真菌和原生物种的基因。你可以快速找到一个物种中的相关基因,将它们与其他注释后生动物基因组中的基因进行比较,并获得其他有用的基因资源。要查找一组相似的基因,请输入基因符号或从选择菜单中选择基因符号+同源基因选项。

例如,如果您搜索“AGO2直方图',除了与脊椎动物的直系亲属的联系外,你还将获得一组类似基因的联系(具有相似蛋白质结构的基因)包括无脊椎动物、真菌和绿色植物基因的广泛进化谱(图1)。

AGO2_图1图1.与AGO2蛋白结构相似的基因。最初的搜索是AGO2直向同源物,它会弹出带有类似基因链接的建议框,以及AGO2脊椎动物直向同源物。类似的基因包括来自广泛的真核生物分类范围的条目。

如果您搜索“GH1公司',你会得到一个与类似基因的链接,这些基因包括生长激素家族的成员,而这些成员不属于NCBI的脊椎动物同源基因集。

GH1_图2.png图2。与GH1蛋白结构相似的人类基因子集显示GH1基因家族(GH2、CSH1、CSH2、CSHL1)的其他成员(paralog)。这些不包括在正交集.

尝试以下搜索,并按照链接找到具有相似蛋白质结构的基因

求你了让我们知道你怎么想!

GEO用户注意:使用新的GEO FTP子目录

2020年2月1日,NCBI将为GEO解除以下FTP子目录的使用:

  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/SOFT公司/
  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/补充/
  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/MINiML文件/
  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/Series矩阵/
  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/geo/DATA/注释/

继续阅读“注意GEO用户:使用新的GEO FTP子目录”

RefSeq 95版:命名证据添加到所有相关WP蛋白

RefSeq 95版:命名证据添加到所有相关WP蛋白

RefSeq 95版可访问联机,通过FTP文件以及通过NCBI的Entrez编程实用程序、E-utilities。

此完整版本包含截至2019年7月8日可用的基因组、转录和蛋白质数据,包含206416381条记录,包括146381777个蛋白质、27212750个RNA和93618个生物体的序列。

继续阅读“RefSeq 95版:命名证据添加到所有相关WP蛋白”

Primer-BLAST现在为无关的非目标比赛提供帮助

底漆-BLAST,NCBI的主设计师和特殊性检查器,现在提供了一种方法来帮助您进行不相关的非目标匹配。

有时Primer-BLAST无法为目标序列设计特定的引物,因为数据库中存在类似的非目标序列。在某些情况下,您可能知道这些非目标匹配对您的研究并不重要,可以安全地忽略。实例可能包括组织特异性剪接变异体、冗余条目和预测序列。为了在这些情况下提供帮助,您现在可以选择允许某些非目标匹配。这使得Primer-BLAST在引物选择方面有了更大的自由度,也有了更好的机会找到高度特异的引物。

继续阅读“Primer-BLAST现在为无关的非目标比赛提供帮助”

云端病毒搜索:ASV 2019黑客马拉松故事

云端病毒搜索:ASV 2019黑客马拉松故事

你打算2019年ASV?

如果您是,请在几天后加入我们的研讨会病毒搜索黑客马拉松我们今年早些时候帮助跑步。

会话:研讨会#19:病毒发现

程序编号:W-19-8

时间:星期日,7月21日,下午7:00 CDT

位置:梅奥礼堂

在本次研讨会上,Rodney Brister博士将讨论来自21个组织的41名科学家如何努力提高SRA数据的可用性,识别包含已知病毒和病毒信号的数据集。现在,这些信息不仅被集成到公共搜索界面中,而且在未来的黑客马拉松中,所使用的方法也在改进,以便将其应用于所有SRA数据集。

我们希望在那里见到你!

你试用过NCBI的STR分析工具OSIRIS吗?

5年多前,NCBI为您带来了OSIRIS公司(O(运行)S公司独立的查看和解释系统),a免费、开放式工具用于强大而智能的短串联重复(STR)分析。

短串联重复序列(STR)是DNA的重复短延伸,通过测量重复区域的长度进行分析。它们因个体而异,由父母传给子女。STR分析广泛应用于医学、研究和执法领域,包括干细胞移植、亨廷顿氏病等疾病、验证研究细胞系和样本、确定家庭关系以及刑事案件。在这篇博客文章中,我们将探讨您如何在现实世界中使用OSIRIS,以及您的反馈如何帮助我们改进此产品。继续阅读“你试用过NCBI的STR分析工具OSIRIS吗?”