月份:2019年1月

宣布首次在云黑客马拉松中使用RNA-Seq!

宣布首次在云黑客马拉松中使用RNA-Seq!

2019年3月11日至13日美国国立生物技术信息中心将帮助在北卡罗来纳大学教堂山分校(UNC)主办的北卡罗莱纳三角研究区举办生物信息学黑客马拉松。

潜在主题包括:

  • 技术元数据同质化
  • 使用本体使数据搜索更加敏感和具体的简单界面
  • 自动化数据分析和可视化
  • 新型亚型的鉴定与比较

我们正在寻找有经验处理此类主题的人。如果这描述了你,请应用

这项活动是为研究人员举办的,包括学生和博士后,他们使用生物信息学数据或从高通量实验中为大规模RNA-Seq分析开发管道。该活动对任何被选中参加黑客马拉松并愿意前往北卡罗来纳州的人开放。继续阅读“在云黑客马拉松上宣布有史以来第一个RNA Seq!”

佛罗里达(USF)生物数据科学“IronHack”2019年2月25日至27日

佛罗里达(USF)生物数据科学“IronHack”2019年2月25日至27日

2019年2月25日至27日,NCBI将帮助佛罗里达州坦帕市USF举办数据科学黑客马拉松!

黑客马拉松将重点关注铁相关罕见疾病的基因组学以及大规模RNA-Seq索引和分析。这项活动是为研究人员举办的,包括学生和博士后,他们已经参与了大型数据集的使用或高通量实验分析管道的开发。一些项目可供其他非科学开发人员、数学家或图书馆员使用。

该活动对任何被选中参加黑客马拉松并愿意前往坦帕的人开放。

工作组将由5至6人组成,分为5至8个小组。这些团队将构建或扩展管道和工具,以分析云基础设施中的大型数据集。此类黑客马拉松的主题示例包括:

  • 用于分析大规模RNA-Seq实验的集成管道
  • 将表型映射到基因型的可视化工具
  • 快速临床诊断工具
  • 基于单分子测序数据的结构变量挖掘

请参阅应用程序形式以了解更多详细信息和其他项目。项目清单将继续发展,并将在申请表上更新。

继续阅读“佛罗里达(USF)生物数据科学”IronHack“2019年2月25日至27日”

保存并在PubMed实验室共享!

我们最近向添加了保存和共享选项PubMed实验室。从PubMed实验室的搜索结果列表中,您现在可以使用“保存”按钮以多种格式保存所选结果,包括摘要和摘要。您还可以使用“电子邮件”按钮与同事共享选择的结果,包括摘要。

公共实验室的股票期权-推特、脸书和永久链接
图1。点击“分享”按钮,分享到Twitter和Facebook。

继续阅读“保存并在PubMed实验室共享!”

改进的ClinVar搜索可以快速连接到有关变体的信息

如果你一直在搜索ClinVar公司,您可能已经注意到12月份推出的搜索改进功能,它可以将您与您感兴趣的变体的信息可靠地联系起来。ClinVar扩大了其搜索能力,以接受表达相同变异的多种不同方式,包括RefSeq转录本和蛋白质上描述的变异。如果ClinVar中没有报告您的变体表达,我们会提醒您注意同一基因组位置的其他变体,或将您链接到其他NCBI资源中的相关信息,例如数据库SNP,LitVar(无功功率)、和公共医学.ClinVar现在还将解释包含小错误的表达式,或警告您无法解释的不正确语法。

传感器2图1.Clinvar中改进的搜索结果显示了HGVS表达到Clinvar中等效变体的映射。

以下是一些示例查询,显示了改进后的搜索结果。

NM_001318787.1:c.2258G>A–一个不在ClinVar中的HGVS表达,但ClinVar有一个变体的替代表达(图1)。

NM_004958.3:c.7365C>A–一个变体不在ClinVar中,但另一个变体位于相同的基因组位置,在ClinVar中。

NM_002113.2:约19delG–ClinVar中没有变体,但其他数据库中有该变体的附加信息。

我们欢迎您的反馈关于您的搜索体验以及如何改进ClinVar搜索的任何其他想法。

2月6日网络研讨会:用于规范化、重新映射和注释变体的新变体服务

2月6日网络研讨会:规范化、重新映射和注释变体的新变体服务

2019年2月,星期三加入我们,届时NCBI员工将向您展示如何使用一套新的NCBI变更服务依赖于名为SPDI公司(序列位置删除插入)。这些服务和数据模型允许您以标准格式(RefSNP接入、HGVS和VCF)对变体进行相互转换、映射和消除歧义。与许多当前的变体符号系统不同,SPDI提供了明确的、机器可读的变体定义。SPDI不仅为NCBI的SNP构建和映射程序提供了动力,而且还为活跃于全球搜索和ClinVar中的各种传感器提供了动力。这些服务和符号系统为处理序列变量的人员提供了有价值的新工具。

日期和时间:2019年2月6日星期三12:00 PM–12:30 PM EDT

注册

注册后,您将收到一封确认电子邮件,其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后,您可以在NCBI YouTube频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程页面.

RefSeq 92版更新了10000份人类转录本

RefSeq 92版更新了10000份人类转录本

RefSeq 92版可访问在线,通过文件传输协议以及通过NCBI的Entrez编程实用程序、E-utilities。

此完整版本包含截至2019年1月4日可用的基因组、转录和蛋白质数据,包含185738687条记录,包括130366644个蛋白质、25088890个RNA和86867个生物体的序列。该版本在几个目录中作为完整的数据集提供,并按逻辑分组进行划分。

继续阅读“RefSeq 92版更新了10000份人类抄本”

2019年1月12日至16日,在圣地亚哥的PAG加入NCBI

下周,NCBI工作人员将参加动植物基因组会议我们计划了几项活动,包括1个展位(#223)、4个研讨会、1次讲座和2张海报。

继续阅读,了解更多关于如果你今年参加PAG,你可以期待什么。(注:所列时间为太平洋时间。)

继续阅读“2019年1月12日至16日,在圣地亚哥的PAG加入NCBI”

立即申请加入2019年2月4日至6日西雅图生物数据科学FHackathon

立即申请加入2019年2月4日至6日西雅图生物数据科学FHackathon

2019年2月4日至6日,NCBI将在弗雷德·哈钦森癌症研究中心在西雅图。要申请,请完成此操作形式(大约10分钟完成)。初次申请到期东部时间1月11日星期五下午11点.

黑客马拉松将专注于基因组学和一般数据科学。这项活动是为研究人员举办的,包括学生和博士后,他们已经参与使用大型数据集或开发用于高通量实验分析的管道。一些项目可供其他非科学开发人员、数学家或图书馆员使用。

继续阅读“现在申请加入2019年2月4日至6日的西雅图生物数据科学FHackathon”