月份:2018年12月

IgBLAST 1.12现已上市

我们发布了新版本的IgBLAST v1.12。这个新版本增加了V基因末端和J基因起始位置之间的允许距离(从90 bp到150 bp),以及V基因末端与D基因起始位置(从55 bp到120 bp),以适应某些抗体中发现的超长VDJ连接。

IgBLAST 1.12使用基于1的序列坐标系,该坐标系反映了新的AIRR重排模式此外,它还包括对以前版本中发现的小错误的修复。

新的可执行文件位于NCBI FTP站点.

欲了解更多信息,请阅读:

IgBLAST有助于分析免疫球蛋白和T细胞受体可变结构域序列。

2018年12月9日至11日,在圣地亚哥举行的ASCB | EMBO会议上访问NCBI

2018年12月9日至11日,在圣地亚哥举行的ASCB | EMBO会议上访问NCBI

前往ASCB |欧洲工商管理硕士会议?参观NCBI展台(#327)了解NCBI提供的所有内容,提出问题,并就我们如何更好地满足您的研究和教学需求提供反馈。

展厅327号展位:

  • 12月9日星期日上午9:30–下午4:00
  • 12月10日,星期一,上午9:30–下午4:00
  • 12月11日,星期二,上午9:30–下午4:00

在展览时间内随时参观展台,讨论任何话题或只是打个招呼。我们还将在展台上提供特定的时间,就在您的研究和教学中使用特定的NCBI资源进行重点对话。

讨论环节:

星期日

  • 12:30 PM NCBI BLAST研究和教学

星期一

  • 12:30 PM Jupyter笔记本,教授脚本和NCBI资源

星期二

  • 下午12:30 EDirect用于命令行访问NCBI数据库
  • 下午2:00 Jupyter笔记本,教授脚本和NCBI资源

要在ASCB或一般情况下了解NCBI的最新信息,请在推特上关注我们@NCBI公司

 

为GenBank的新加入格式调整平面文件解析器

作为之前宣布的、GenBank和其他INSDC成员将在今年年底前扩展用于测序项目的加入格式。我们正在引入这些新的格式来适应全基因组枪(WGS)、转录组枪组装(TSA)和靶向位点研究(TLS)测序序列的增长。有关这些更改的更多详细信息,请访问NCBI见解.

您可能需要调整代码和数据库以适应新格式的较长长度。特别是,平面文件格式的第一行(称为LOCUS行)包括“位置名称”(通常与登录号相同),现在可能增长到20个字符。参见第3.4.4节GenBank发行说明有关LOCUS线可能如何更改的示例。

自2003年以来,GenBank发行说明建议平面文件解析器使用空白分隔标记方法来适应第3.4.4节所述的更改。如果平面文件解析器仅依赖位置,则可能需要进行修改。从我们的内部测试来看,BioPython和BioPerl似乎能够正确处理第3.4.4节中所示的大多数示例,并且只对序列长度不再以位置40结束的最后一个理论示例有问题。我们确实建议调整代码以适应这些理论示例,以防将来发生。

请写信给帮助台关于新格式的任何问题。