月份:2015年5月

NCBI的首次黑客马拉松:下一代基因测序数据的高级生物信息学分析

这篇博文面向基因组学专业人士。

2015年1月5日至7日,NCBI与NIH数据科学办公室联合举办了一场基因组学黑客马拉松,基因组学专业人士聚集在一起,为基因组学新手编写有用、高效的管道。

在我们之后宣布了黑客马拉松,130多名合格申请人表示有兴趣参加。四位团队负责人从该人才库中选择了23位参与者,然后分配了最初的预定义角色,并为四个主题领域之一的产品提供了生物指导:DNA-Seq、RNA-Seq,表观基因组学和宏基因组学。继续阅读“NCBI的首次黑客马拉松:下一代基因测序数据的高级生物信息学分析”

NCBI RefSeq的抗菌肽索引字段:促进新抗生素的发现

这篇博文是针对生物医学研究人员的。

每年数以万计的美国人死于耐药性细菌感染。在过去20年里,这些难以治疗的感染变得越来越常见。由于传统抗生素在这些情况下无效,生物医学研究人员正在寻找替代品。NCBI的RefSeq项目创建了一个新的索引字段,“蛋白质具有抗菌活性”,通过检索显示天然抗菌肽或AMP的有用序列注释来帮助进行此搜索。

抗菌肽是来自多种物种的天然肽,是生物体先天免疫系统的一部分。RefSeq团队最近收集了一份由130多个人类基因组成的清单,这些基因编码一个或多个实验证明的AMP。这些肽通常少于100个氨基酸,可以显示杀菌、抗病毒、抗真菌甚至抗肿瘤活性,而特定的AMP通常具有这些活性的子集。AMPs可能是传统抗生素的合适替代品,因为它们工作迅速、高效,并且往往具有广谱活性。此外,由于AMP是天然存在的,因此与其他化合物相比,AMP对宿主细胞有毒或产生耐AMP菌株的可能性较小。继续阅读“NCBI RefSeq的抗菌肽索引字段:促进新抗生素的发现”

进入隐藏王国:真菌ITS参考序列

本文面向真菌研究人员以及RefSeq和BLAST用户。

真菌具有独特的特性,因此很难根据形态学对物种进行识别和分类。为了解决这些问题,NCBI的真菌分类学家Conrad Schoch和NCBI真菌RefSeq馆长Barbara Robbertse与外部真菌学专家合作,正在从核核糖体RNA基因的内部转录间隔区(ITS)区域收集一组真菌序列。这套真菌分类群的标准DNA序列不仅解决了通过形态学鉴定和分类真菌物种的困难,而且对于分析环境(宏基因组学)测序研究也至关重要。在最近的一篇文章中描述了精心策划的ITS序列数据库(PMC免费文章),都有相关的样本数据,如果可能,从类型中的序列材料,确保正确的物种识别和名称更改跟踪。本文将向您展示如何访问这些ITS序列并使用专门的目标位置爆炸服务。

真菌ITS序列是RefSeq靶向基因座生物工程(项目编号:177353). 您可能知道生物项目是与单个倡议相关的生物数据的集合;在这种情况下,目标是从靶位点收集和保存真菌序列,靶位点是特定的分子标记,例如用于系统发育分析的蛋白质编码或核糖体RNA基因。

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