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rwindsor1/SpineNet

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免责声明:SpineNet既不是诊断工具,也不是医疗设备。它只能用于研究。

介绍

SpineNet是用于分析临床脊柱MRI扫描的自动化软件。当前功能包括:

  1. 在矢状位切片MRI扫描中,在一系列常见序列(如T1、T2、STIR等)和视野(腰椎、颈椎、整个脊柱)中检测和标记椎体。
  2. 对T12/L1到L5/S1的T2腰椎扫描中的每个椎间盘水平进行放射学分级,以了解一系列常见的退行性改变。

除了使用SpineNet检测和标记椎体和现有的放射分级外,您还可以使用代码库微调模型以执行其他分级。例如,我们之前已经将其用于检测脊椎骨折、马尾神经、强直性脊柱炎和其他疾病。

请注意,通过使用SpineNet,您同意我们的准入条款。除其他外,这禁止将SpineNet用于商业目的。如果您希望获得更宽松的SpineNet许可证,请联系我们。

入门

SpineNet的文档可用在这里

安装环境

运行SpineNet的最小python环境可以在中找到要求.txt并且可以安装使用

$python-m venv-spinenet-venv$source spinet-venv/bin/activate$pip安装-r要求.txt

运行代码

克隆存储库并将根目录添加到PYTHONPATH,例如通过

$export PYTHONPATH=$PYTHON path:/path/to/SpineNet

首次使用SpineNet时,首先必须通过调用函数从VGG公共服务器下载权重

spinet.download_weights(verbose=True)

或重新下载:

spinet.download_weights(verbose=True,force=True)

有关使用SpineNet的指南,请参阅01-quickstart.ipynb(01-快速入门.ipynb)教程笔记本。

引用

如果您在研究中使用SpineNet,请引用我们的技术报告,该报告可在arxiv上找到在这里

“SpineNetV2:临床MR扫描的自动检测、标记和放射分级”(2022年),Rhydian Windsor、Amir Jamaludin、Timber Kadir、Andrew Zisserman、,技术报告

您也可以引用我们在这方面的其他作品:

“全脊柱MRI中脊椎检测和标记的卷积方法”(2020年),Rhydian Windsor、Amir Jamaludin、Timber Kadir、Andrew Zisserman、,2020年医学图像计算和计算机辅助干预(MICCAI).施普林格,ArXiv公司

“脊髓癌检测和放射分级的上下文软件变形金刚”(2022年),Rhydian Windsor、Amir Jamaludin、帝汶·卡迪尔、安德鲁·齐瑟曼,医学图像计算和计算机辅助干预(MICCAI)2022.ArXiv公司

“SpineNet:脊柱核磁共振成像中的自动分类和证据可视化”(2017),Amir Jamaludin,Timber Kadir,Andrew Zisserman,医学图像分析41,p63-73.

“2017年ISSLS生物工程科学奖:在无需人工干预的情况下,自动读取腰椎磁共振图像(MRI)的放射特征可与专业放射科医生媲美”,(2017)Amir Jamaludin、Meelis Lootus、Timber Kadir、Andrew Zisserman、Jill Urban、Michele C.Battié、Jeremy Fairbank、,Iain McCall和Genodisk Consortium,《欧洲脊柱杂志》26,第1374–1383页

扫描属性示例

我们感谢教程中使用的示例扫描的提供商(最初来自radiopedia.org网站).

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我们一直在寻求扩展SpineNet,使其成为更有用的工具。如果您需要功能,请与我们联系。

关于

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