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phyloseq是一组类、包装器和工具(在R中),使导入、存储和分析系统发育测序数据更加容易;并与他人重复分享该数据和分析。请参阅phyloseq首页:

乔伊·711/phyloseq

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快速安装

在R端子中:

if(!requireNamespace(“BiocManager”)){install.packages(“BiocManager”)}BiocManager::安装(“phyloseq”)

请参见phyloseq安装页面有关更多详细信息,请参见示例。

关于改进微生物组分析的文章

麦克默迪和霍姆斯(2014)不浪费,不匮乏:为什么罕见的微生物组数据在统计上是不允许的 计算生物学10(4):e1003531

验收前提交版本(2013年):PDF版本2,PDF版本1

同行评议的关于phyloseq的文章

麦克默迪和霍姆斯(2014)Shiny phyloseq:具有种源追踪的交互式微生物组分析的Web应用程序.生物信息学(英国牛津)31(2), 282–283.

麦克默迪和霍姆斯(2013)phyloseq:微生物种群普查数据的可重复交互分析和图形的R包 公共科学图书馆8(4):e61217

其他资源

phyloseq项目也有许多支持性的在线资源,包括(但可能不限于)

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