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伊斯卡纳/幻灯片排序

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幻灯片排序

SlideSort的C++实现

总结

该库提供了SlideSort和相关聚类工具的实现[1]。

  • [1] Shimizu K、Tsuda K、SlideSort:针对短读的所有配对相似性搜索。生物信息学,2011:27(4):464-470。

安装

git克隆https://github.com/iskana/SlideSort.gitcd幻灯片排序/垃圾桶/垃圾桶mkall_v1.sh/垃圾箱/sh mkall_v2.sh

使用示例文件快速入门

枚举所有类似对:

cd幻灯片排序/SS_v2./slidesort_v2-d 3-i测试.fasta-mt 4cat测试.fasta/幻灯片排序_v2-d 3-I-mt 4

查找MST:

cd幻灯片排序/mst_v2./smsst_v2-d 3-i测试.fasta-mt 4cat测试.fasta/ssmst_v2-d 3-I-mt 4-Z

版权声明

版权所有(C)2016,Kana Shimizu保留所有权利。

许可证

请参阅此存储库中包含的自述文件。

联系方式

历史

2016年7月/20日;初始上传

关于

从一组短字符串中查找所有相似对的有效算法。

资源

星星

观察者

叉子

发布

未发布版本

包装

未发布包