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得到许可的 未经许可 需要身份验证 发布人:德古意特出版社 2019年2月9日

遗传共表达动力学建模的元分析框架

  • 泰勒·G·金齐 , 蒂莫西·斯塔尔 , 乔治·C·曾 Yen-Yi Ho先生 电子邮件徽标

摘要

探索遗传相互作用的方法已经发展起来,试图超越单基因分析。由于生物分子在各种细胞条件下经常参与不同的过程,研究各种生物条件下基因共表达模式的变化可以揭示重要的调控机制。捕获基因共表达动力学的一种方法称为液体结合(LA),它量化了两个基因之间的共表达受第三个“协调子”基因调控的关系。这种LA测量为研究基因共表达变化提供了一个自然框架,并越来越多地应用于研究基因之间的调控网络。有了大量公开可用的基因表达数据,有必要为LA分析开发一个荟萃分析框架。在本文中,我们在建模相关性时纳入了混合效应,以解释研究之间的异质性。对于LA的统计推断,我们通过贝叶斯层次结构框架开发了马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)估计程序。我们在一组模拟中评估了所提出的方法,并在两组实验数据集中说明了它们的使用。第一个数据集结合了10项胰腺导管腺癌基因表达研究,以确定可能的协调基因的作用美国药典9X河马路径中。第二个实验数据集由907个基因表达微阵列组成大肠杆菌多个研究的实验可通过多个Microbe微阵列数据库网站公开获取(http://m3d.bu.edu/)并检测了与之共存的基因血清A在有协调基因的情况下Lrp公司.

工具书类

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补充材料

本文的在线版本提供了补充材料(DOI:https://doi.org/10.1515/sagmb-2017-0052).


在线发布:2019-02-09

©2019 Walter de Gruyter GmbH,柏林/波士顿

于2024年4月23日从下载https://www.degruyter.com/document/doi/10.1515/sagmb-2017-0052/html
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