Eric Bonnet、Jan Wuts、Pierre Rouzé、Yves Van de Peer,微RNA前体与其他非编码RNA不同,其折叠自由能低于随机序列的证据,生物信息学,第20卷,第17期,2004年11月,第2911-2917页,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth374
动机:大多数非编码RNA具有决定其功能的特定二级和三级结构。在这里,我们研究了非编码RNA序列的二级结构的折叠能量,例如一些真核生物分类群中的microRNA前体、转移RNA和核糖体RNA。统计偏差通过随机化测试进行评估,其中预测的最小折叠自由能与从随机洗牌原始序列中推断出的结构的值进行比较。
结果:与转移RNAs和核糖体RNAs相比,大多数microRNA序列明显表现出折叠自由能,远低于洗牌序列,表明序列趋向于稳定的二级结构。讨论了这种统计测试在检测真实miRNA序列的框架中的可能用途。
可利用性:数据集、软件和其他数据文件可在我们的网站上免费获得,作为补充信息。
补充信息: http://www.psb.ugent.be/生物信息学/
信件应寄给谁。
根特大学佛兰德斯大学间生物技术研究所(VIB)植物系统生物学系,比利时根特B-9052技术园927,法国INRA实验室
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