该套件的引文如下:
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##Aphalo,Pedro J.(2015)《r4光生物学套件》。《UV4植物公报》,2015:1,21-29。DOI:10.19232/uv4pb.2015.1.14
介绍
“光生物学”软件包是一套软件包的核心分析和绘制与光生物学相关的数据(在https://www.r4photobiology.info/). 随行人员包提供的数据和定义在很大程度上是应用程序区域特定,而包中的函数“光生物”在光生物学和辐射学中非常有用地球物理学和气象学中的量化。“光生物学”包装有它的主要焦点是描述生物相关方式和光谱数据操作模拟光物理、光化学和光生物互动和回应。此外,它还实现了以下算法Jean Meeus表示太阳的位置,如此和导出的量昼夜长度对大多数生物来说都很重要。
与包“pavo”、“colorSpec”和“hyperSpec”的数据交换是支持。包装“pavo”(Maia等人,2003)的重点是颜色动物的感知和动物颜色的评估。的重点“colorSpec”软件包(Davis 2019)用于颜色相关计算:“利用光源、材料的光谱特性进行计算,摄像头、眼睛和扫描仪。”包“hyperSpec”的重点(Beleites和Sergo)是处理高光谱数据集,例如光谱光谱的图像和时间序列。
由于它们的侧重点不同,这些包大多是补充尽管在方法或甚至在数据处理的哲学方面。”
套件中的包
此套件中的核心包称为‘光生物学’套件中的所有其他软件包都依赖于它。其他专门的紫外、可见和红外定量包装辐射(‘光生物学波段’),植物光感受器特性及其他植物光生物学相关计算(‘光生物学植物’),滤波器和对象的光谱数据示例(‘光生物滤光片’),灯具(‘光生物灯’),LED指示灯(‘光生物发光二极管’),阳光(‘光生物学太阳’),光传感器(‘光生物传感器’)以及用于在中交换数据外国的格式(‘光生物输入输出’)是套房的一部分。一个附加包(‘gg光谱’),通过扩展包实现绘制光谱数据的工具“ggplot2”。两个附加包(‘rOmni驱动程序’)和(‘ooacquire(捕获)’)通过控制可以获取光谱数据海洋洞察力/海洋光学R内的光谱仪。
“光生物学” |
核心类、方法和函数 |
“光生物学波段” |
标准化和常用波段的定义定义和谱加权函数。 |
“光生物植物” |
植物和植被的方法、功能和数据。 |
“光生物输入输出” |
在R内交换数据,并使用不同的专有和基于标准的格式。 |
“光生物灯” |
各种灯型的光谱发射和其他数据。 |
“光生物LED” |
各种LED和LED的光谱发射和其他数据数组。 |
“光生物传感器” |
各种UV、VIS和NIR的光谱响应和其他数据传感器。 |
“光生物学太阳” |
太阳光的光谱辐照度和其他数据。测量和地面和大气层顶部的标准定义。 |
'光生物过滤器' |
不同的光谱透射率和光谱反射率数据包括滤光片的材料。折射光谱数据索引。 |
'ggspectroms' |
扩展包“ggplot2”以更容易绘制光谱数据,包括自动绘图() 和ggplot() “光生物学”和量表中定义的类别的方法,地理和统计。 |
“oocquire”(不在CRAN中) |
海洋光学(现为Ocean Insight)的数据采集和控制光谱仪。 |
'rOmniDriver'(不在CRAN中) |
OmniDriver驱动程序接口,用于与光谱仪通信来自Ocean Optics(现在的Ocean Insight) |
有关作者提供的这些包和其他包的更多信息请访问(https://www.r4photobiology.info)查看新闻,并查看菜单项R软件包>检查和问题对于当前状态以及联机文档和公共Git的链接存储库。每个包在我的GitHub帐户从那里可以克隆当前版本和早期版本的源代码,也可以分叉的。
鸣谢
这项工作部分由芬兰科学院资助(决定252548),作者受雇于芬兰赫尔辛基。成本行动FA9604“UV4Growth”促进讨论和交换意见,从而推动这一进程包裹。Andy McLeod、Lars Olof Björn、Nigel Paul、,Lasse Ylianttila、Glen Davis、Agnese Fazio、T.Matthew Robson和TittaKotilainen特别重要。UV4Plants的其他成员协会(https://www.uv4plants.org/)和参与者研讨会和培训活动促成了这两个需要解决的问题解决方案和实施方案。
Hadley Wickham的教程以及对我在使用R!2015让我大大改进了编码和功能。许多R成员慷慨的在线帮助20多年来的社区也受到了热烈的感谢。