aSPU:自适应综合得分测试

功率分数总和(自适应)的R代码(“SPU”和“aSPU”)检验,反向方差加权Powered得分总和(‘SPUw’和‘aSuw’)检验以及基于基因和一些基于路径的关联测试(基于路径的总和增强分数测试(“SPUpath”)、自适应“SPUpPath”(“SPUpath”)测试、“GEEaSPU”多性状试验-单个“SNP”(单核苷酸多态性)广义估计方程中的关联,多重“MTaSPU”测试性状-单个SNP与全基因组关联研究(GWAS)的关联摘要统计,基于基因的关联测试,使用扩展的“Simes”程序(“GATES”)、基于混合集合的测试(“HYST”)和扩展版本用于基于路径的关联测试(“GATES-Times”)的“GATES”测试。)。这些测试可以用于带有协变量的遗传数据集和其他数据集。这个响应变量为二进制或定量。总结;(1) 单一特征-“SNP”集合与个体水平数据(‘SPU’、‘aSPUw’和‘aSPU’)的关联,(2)单一性状-‘SNP’集合与汇总统计信息的关联('aSPUs'),(3)单一路径与个体水平数据的关联('aSPUpath'),(4)单一路径与摘要统计信息关联('aSPUsPath'),(5)多个traits-single“SNP”与个体水平数据的关联(“GEEaSPU”),(6)多性状-单个SNP与汇总统计数据的关联(“MTaSPU”),(7)多个特征-“SNP”集合与汇总统计信息的关联('MTaSPUsSet'),(8)多个追踪与汇总统计的关联(‘MTaSPUsSetPath’)。

版本: 1.50
取决于: R(≥3.6.0),向右,质量,mvtnorm公司,领域,矩阵统计
建议: rmarkdown公司,降价,针织物
出版: 2021-06-28
作者: Il-Youp Kwak等人(参见各功能手册中的作者)
维护人员: Il-Youp Kwak<ikwak2 at cau.ac.kr>
许可证: GPL-3公司
网址: https://github.com/ikwak2/aSPU
需要编译:
材料: 自述文件
CRAN检查: aSPU结果

文档:

参考手册: aSPU.pdf软件
渐晕图: 带有GWAS摘要统计信息的aSPU
基因多图aSPU与GWAS摘要统计

下载:

程序包来源: aSPU_1.50.tar.gz标准
Windows二进制文件: r-预发布:aSPU_1.50.zip,r版本:aSPU_1.50.zip,r-oldrel:aSPU_1.50.zip
macOS二进制文件: r-prerel(arm64):aSPU1.50.tgz,r-release(arm64):aSPU_1.50.tgz,r-oldrel(arm64):aSPU_1.50.tgz,r-prerel(x86_64):aSPU_1.50.tgz,r-release(x86_64):aSPU_1.50.tgz
旧来源: aSPU存档

反向依赖关系:

反向取决于: MiSPU公司

链接:

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