SimSeq:RNA-Seq数据的非参数模拟

RNA测序分析方法通常是通过依赖于读取计数的假设参数模型来推导的,这些模型在实践中不太可能精确满足。方法通常通过分析根据假设模型模拟的数据进行测试。这种测试策略可能导致对RNA-seq分析方法的性能过于乐观。我们为RNA-seq数据开发了一种基于数据的仿真算法。给定实验单元模拟的读取计数矢量具有联合分布,该分布与用户提供的源RNA-seq数据集的分布密切匹配。用户控制模拟差异表达的基因比例(DE),并可以提供权重向量来控制效应大小的分布。该算法要求至少在两个治疗组中具有大样本量的RNA-seq读取计数矩阵。有许多符合此标准的数据集可用。

版本: 1.4.0
取决于: R(≥2.10.0)
进口: fdrtool公司
出版: 2015年11月23日
作者: 塞缪尔·贝尼特
维护人员: 塞缪尔·贝尼特<sgbenidt at gmail.com>
许可证: GPL-2型|GPL-3公司[扩展自:GPL(≥2)]
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引文: SimSeq引文信息
材料: 新闻
CRAN检查: SimSeq结果

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