Haplin:用SNP分析病例-亲本三联体和/或病例对照数据单元型

使用多个标记对病例-亲本三联体(trio)数据进行遗传关联分析。它还可以合并完整或不完整的控制三元组,例如独立的控制子级。估计是基于单倍型,例如SNP单倍型,即使基因数据中不知道阶段Haplin'估计与每个单倍型相关的相对风险(RR+conf.int.)和p值。它使用最大似然估计法来优化利用三联体中缺失基因型数据的数据,例如,如果某些个体的某些snp没有被定型Haplin还可以估计母体单倍型的影响和母体的起源效应,特别适用于围产期流行病学Haplin'允许在X染色体上安装特殊的模型,比如X-失活。GxE分析允许测试环境和所有估计的遗传效应之间的相互作用。这些模型最初在“Gjessing HK and Lie RT.病例-父母三联体:估计胎儿和母体疾病基因单倍型的单剂量和双剂量效应”.人类遗传学年鉴(2006)70,第382-396页。

版本: 7.3.0款
取决于: R(3.5.0条)
进口: 工具,mgcv公司,质量,ff,,方法
建议: ,Rmpi,GG地块2,测试,R标记
出版: 2022年5月20日
作者: Hakon K.Gjessing[aut,cre],Miriam Gjerdevik[ctb](函数'lineByLine','cbindFiles',“rbindFiles”、“snpPower”、“snpSampleSize”、“hapSim”、“hapRun”,“hapPower”、“hapPowerAsymp”和“hapreoff”),朱莉娅·罗曼诺夫斯卡兽人iD[ctb](新数据格式、并行化、新文档),Oivind Skare[ctb](TDT测试)
维护人员: 哈肯K.杰辛<哈肯。在uib学习。否>
许可证: GPL-2|GPL-3[扩展自:GPL(2) ]
网址: https://people.uib.no/gjessing/genetics/software/haplin/
需求对比:
引用: Haplin引文信息
起重机检查: Haplin结果

文档:

参考手册: 哈普林.pdf
渐晕: 简介:安装和引用Haplin
读取和准备数据
运行Haplin分析
在集群上运行Haplin
相对效率

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包源: 哈普林7.3.0.tar.gz
Windows二进制文件: r-devel公司:哈普林7.3.0.zip,r-释放:哈普林7.3.0.zip,r-oldrel:哈普林7.3.0.zip
macOS二进制文件: r型释放装置(arm64):哈普林7.3.0.tgz,r-oldrel(arm64):哈普林7.3.0.tgz,r-release(x86\u 64):哈普林7.3.0.tgz,r-oldrel(x86_64):哈普林7.3.0.tgz
老资料来源: 哈普林档案馆

链接:

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