#饼干商[！[生成状态](https://travis-ci.org/triche/cousiceer.png？branch=master)](https://travis-ci.org/triche/cookieer)[！[codecov](https://app.codecov.io/gh/triche/biscuiter/branch/master/graph/badge.svg)](https://app.codecov.io/gh/triche/cookieer)##原创豪华饼干精品店等等，不，那是[这些家伙](https://www.cookieers.com/). ```另一方面，饼干商是一个加工[饼干]的包装(https://github.com/huishenlab/饼干)快速输出到[bsseq](https://bioconductor.org/packages/bsseq)对象。还包括许多功能，如VCF头解析、缩小M值计算（用于分段推断）和肿瘤/正常拷贝数分割，但位点和区域级差异甲基化推断的任务委托给其他包（如``dmrseq```）。##正在安装```R（右）if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“饼干匠”）```GitHub上提供了一个开发版本，可以通过以下方式安装：```R（右）if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“trichelab/cousiceerData”）BiocManager:：install（“trichelab/饼干商”）```##用法###正在加载数据```饼干匠```可以加载从```cookie vcf2bed```或``` cookie mergecg```生成的有头或无头的类BED文件，但我们鼓励用户保留其VCF头文件（或仅保留整个VCF，您无论如何都会想这样做，因为cookie称SNV，并允许以类似于典型全基因组测序工具的方式检测结构变体）。由于```cookie```记录了软件的版本和用于处理输出VCF中的一组文件的调用参数，因此具有更好的再现性：```R（右）#加载程序包#图书馆（饼干商）#要读入一些数据，您需要：#BED文件（带或不带标题）#VCF文件（只需要标题）#文件是否为合并CG数据#任何其他附加功能输入（基因组、加载区域等）#orig_bed<-system.file（“extdata”，“MCF7_Cunh_chr11p15.bed.gz”，package=“饼干商”）orig_vcf<-system.file（“extdata”，“MCF7_Cunha_header_only.vcf.gz”，package=“饼干匠”）bisc<-readBiscuit（BEDfile=orig_bed，VCFfile=orig _vcf，合并=假）#要从加载的文件打印元数据信息，请执行以下操作：#饼干元数据（bisc）##字符长度列表3#[[“参考基因组”]]hg19.fa#[[“饼干版”]0.1.3.20160324#[[“调用”]]饼干堆-r/primary/vari/genomicdata/genomes/hg19/hg1。。。#这都是从VCF标题中提取的：#元数据（bisc）$vcfHeader##类别：VCFHeader#样品（1）：MCF7_Cunha#meta（5）：文件格式参考源contig程序#固定（1）：过滤器#信息（3）：NS CX N5#基因（7）：GT DP。。。德国劳埃德船级社GQ```###下游钻头A/B隔间推断、WGBS的年龄估计等（示例如下）。也就是说，在一些通常与每个区域相关的区域中，低甲基化和高甲基化的简要总结：```R（右）比斯克。CpG指数<-CpG指数（bisc）##正在计算超甲基化指数。。。#正在加载HMM_CpG_islands.hg19。。。#正在加载H9state23unmethg19。。。#计算低甲基化指数。。。#正在从cookierData加载PMDs.hg19.rda。。。#正在从cookierData加载Zhou_solo_WCGW_inCommonPMDs.hg19.rda。。。#正在计算索引。。。显示（bisc.CpGindex）##具有1行和3列的CpGindex#超链接。MCF7_Cunha次级。MCF7_库哈比率。MCF7_库哈#<数字><数字>>数字># 1 0.0690734126984127 0.199261516805161 0.34664702851757# -------#此对象只是一个DataFrame，它知道它来自何处：#在120个区域进行了超甲基化计数（参见“对象@hyperMethRegions'). #13127区域出现了低甲基化（参见“对象@hypoMethRegions').bisc.CpGindex@hyperMethRegions公司##GRanges对象具有120个范围和1个元数据列：#seqnames范围strand | score#＜Rle＞＜R范围＞＜Rle＞|＜数字＞#1 chr1 32230201-32230224*| 0.03999991059303#2 chr1 43638401-43638449*| 0.03999999991059303#3 chr1 44884001-44884005*|0.03999991059303#4 chr1 46860401-46860406*| 0.05999999986588955#5 chr1 51435801-51436075*| 0.049999998137355# ... ... ... ... . ...#116 chr20 8112392-8112400*| 0.0299999993294477#117 chr20 17207801-17208191*| 0.05999999986588955#118 chr22 20004801-20004802*| 0.03500001490116#119 chr22 37252601-37252731*| 0.05999999986588955#120 chr22 43781850-43781952*| 0.044999999254942# -------#seqinfo:hg19基因组的21个序列```###更新文档`$make文档`。需要[roxygen2](https://github.com/r-lib/roxygen2)包。
