<!-- README.md是从README生成的。房间。请编辑该文件-->#基因自动变形[<img src=“man/fiths/logo.png”align=“right”/>](https://genomaths.github.io/genomautoformation（基因组自同构）)罗伯西·桑切斯生物系。埃伯里理工学院。宾夕法尼亚州立大学，大学公园，宾夕法尼亚州16802<genomicmath@gmail.com> [ORCID:orcid.org/0000-0002-5246-1453](https://orcid.org/0000-0002-5246-1453)##概述这是一个R包，用于计算两两之间的自同构以基因组阿贝尔分子的元素表示的对齐DNA序列论文中描述的组[基因组阿贝尔有限组](https://www.biorxiv.org/content/10.101/2021.06.01.446543v2). 在一般情况下，来自种群（来自任何物种或近缘物种）可以是代数上表示为循环群或多个循环群的直接和特别是阿贝尔*p*-群。基本上，我们建议长度*N*的多序列比对（MSA）表示为由同环阿贝尔直和生成的有限阿贝尔群*素数幂次*组： *G公司* = (ℤ<sub>*p*<sub>1 ⊕ (ℤ<sub>*p*<sub>1 ⊕ … ⊕ (ℤ<sub>*p*<sub>*k*</sub>*α*<sup>*k*</sub>其中，*p*<sub>*i*</sub>是质数，*α*<sub>*i*∈ℕ和ℤ<sub>*p*<sub>*i*</sub>*α*<sup>*i*</sub>是整数模群*p*<sub>*i*</sub><sup>*α*<sub>*i*</sub>。为了两个排列的DNA序列之间的自同构的目的，*p*<sub>*i*</sub><sup>*α*<sub>*i*</sub> ∈ {5, 2<sup>6</sup>， 5<sup>3</sup>}。------------------------------------------------------------------------##状态此应用程序目前在Bioconductor（3.18版）中可用<https://doi.org/doi:10.18129/B9.bioc.GenomAutomorphy>.观看此回购或检查更新。------------------------------------------------------------------------##教程有几个关于如何在上使用该包的教程[基因自同构](https://genomaths.github.io/genomautoformation（基因组自同构）)网站[<img src=“man/digures/logo.png”align=“middle”width=“32”height=“32“/>](https://genomaths.github.io/genomautoformation（基因组自同构）)-<a href=“网址：https://is.gd/zwRaUw“target=”_blank“rel=”noopener“>获取以基因自同构开始</a>-<a href=“https://is.gd/A03Fkl“target=”_blank“rel=”noopener“>分析DNA多重序列比对中的自同构</a>-<a href=“网址：https://is.gd/gsZcuj“target=”_blank“rel=”noopener“>分析灵长类BRCA1基因MSA的自同构</a>-<a href=“https://is.gd/87wlbL“target=”_blank“rel=”noopener“>A基因区域代数分类简介</a>-<a href=“网址：https://is.gd/836uas“target=”_blank“rel=”noopener“>自同构新冠肺炎疫情数据分析</a>-<a href=“https://is.gd/wlyzhr“target=”_blank“rel=”noopener“>模块化突变事件的矩阵运算##依赖项到目前为止，该软件包取决于：*Biostrings*、*GenomicRanges*、，*数字*和*S4Vectors*。------------------------------------------------------------------------##R依赖项的安装：if（！requireNamespace（“BiocManager”））install.packages（“BioManager”）BiocManager:：安装（c（“Biostring”，“GenomicRanges”，“S4Vectors”，“BiocParallel”，“GenomeInfoDb”，“BiocGenerics”，“numbers”，“devtools”，“doParallel”，“data.table”，“foreach”，“parallel”），依赖关系=TRUE）------------------------------------------------------------------------##您可以从GitHub安装**GenomAutomorphy**包BiocManager:：安装（'genomaths/GenomAutomorphy'）------------------------------------------------------------------------#参考文献1.Sanchez R、Morgado E、Grau R。遗传密码的基因代数代数结构。数学生物学杂志。2005年10月；51(4):431-57. doi（操作界面）：10.1007/s00285-005-0332-8。Epub 2005年7月13日。PMID:16012800。([PDF]（PDF格式）(https://arxiv.org/pdf/q-bio/0412033.pdf)).2.Sanchez R，Grau R，Morgado E.一种新的遗传李代数在Galois区域编码四个DNA碱基。数学生物科学。2006;202:156–174. <doi:10.1016/j.mbs.2006.03.017>3.Sanchez R，Grau R。关于原始的代数假设遗传密码结构。数学生物学。2009/07/18. 2009;221: 60–76.【doi:10.1016/j.mbs.2009.07.001】(https://doi.org/10.1016/j.mbs.2009.07.001)4.Robersy Sanchez，Jesüs Barreto（2021）基因组阿贝尔有限群。[doi:10.1101/2021.06.01.446543](https://doi.org/10.101/2021.06.01.446543).5.M.V José，E.R.Morgado，R.Sánchez，T.Govezensky，24种可能标准遗传密码的代数表示三维，高级生物螺柱。4 (2012)119–152。[PDF](https://is.gd/na9eap).6.R.桑切斯。遗传的对称群——代码立方。的影响遗传——进化过程上的代码体系结构MATCH Commun。数学。计算。化学。79 (2018) 527-560.[PDF]（PDF格式）(https://bit.ly/2Z9mjM7).7.Sanchez，R.，2014年。DNA蛋白编码区的进化分析基于遗传代码立方体度量。药物化学的当前主题，14（3），第407-417页。https://doi.org/10.2174/1568026613666131204110022。##另请参见[遗传码的对称群立方体](https://github.com/genomaths/GenemeAlgebra_SymmetricGroup（https://github.com/基因组路径/基因组代数_对称组）)
