使用Chaster

Chaster是一个软件库。要使用它,您需要获取并编译源代码,然后可用于构建和运行心脏电生理和机电模拟、离散组织模拟(包括肠隐窝模拟)等。

支持的操作系统

  • Linux操作系统:Chaster主要开发于Ubuntu Linux(推荐),并定期在所有长期支持(LTS)版本的Ubuntu上进行测试,但也应适用于其他Linux/Unix系统。
  • MacOS操作系统:在Mac OS X上支持并测试Chaster。
  • 窗户:虽然对Windows有部分/实验性支持,但目前不建议在Windows上使用Chaster。

对于不受支持的系统,建议通过以下方式安装Chaster码头工人或运行Ubuntu Linux的虚拟机。

获取代码

如果您主要对按原样使用代码感兴趣,并且不打算贡献新代码或对核心Chaster代码进行更改,那么您可以:

  1. 下载Chaste的固定版本,可以在版本页面.
  2. 克隆最新的释放使用吉特.
  3. 使用我们的其他git随时了解最新发展测试开发分支.

并遵循后续用户的指南。第一个选项是最稳定的,建议新用户使用,这样代码就不会在你下面发生变化。第二个选项可以让您了解最新版本,这可能是一个好主意,这样您的代码也可以使用最新版本的Chaste依赖项。第三个选项将为您提供对最新功能的完全访问权限,但需要在进行更改时对代码进行更改,以跟上对Chaster的更改。注意:使用这种方法,您只能下载/获取代码的更新,但不能为核心Chaster代码提供新代码或更改。

或者,如果您计划返回代码库,您应该从开发人员存储库中查看Chaster并遵循开发商的指南。阅读ChasteGuides/ExternalDeveloperGuide(ChasteGuides/外部开发人员指南)强烈推荐,然后您可以根据ChasteGuides/AccessCodeRepository(ChasteGuides/访问代码库).

下图显示了Github和开发人员存储库之间的关系,以及获取代码的方法用户开发人员.

Chaster Users文件的更新svg版本


仔细阅读发行说明最新消息可以很好地概述每个版本中有哪些功能,以及此后添加了哪些功能。

安装依赖项

Chaster有几个依赖项,包括MPI公司,PETSc公司,HDF5型以及其他,应在编译之前安装。如果您使用的是Ubuntu Linux,那么使用Chaste Debian包最容易做到这一点-请参阅InstallGuides/U包.

否则,您应该使用安装指南并按照安装依赖项的说明进行操作(或使用随发行版提供的安装指南)。

除了软件依赖性之外,如果您希望自己编程,那么我们建议使用C++集成开发环境,例如VS代码,日食克莱恩.

接下来的步骤

安装完依赖项并获得源代码后,请转到贞节指南阅读并运行教程您希望运行的模拟类型。

获取帮助

对于有关Chaster的一般讨论以及有关用法的问题,我们提供了Chaster用户的邮件列表。您可以通过以下方式订阅列表遵循这些说明.公共列出档案可用。

可以使用此网站提交错误报告和功能请求;拜托注册帐户为了这样做。

关于本网站

这是Chaster开发人员的Trac系统,它提供了一个wiki、对源存储库的访问以及票务系统。如果您希望提交或评论公共错误报告和功能请求,请注册帐户.